Le MKV n'est pas un format de fichier mais un container. C'est a dire qu'il va contenir une piste vidéo encodé avec un codec précis ainsi qu'une piste audio, elle aussi, encodé dans un codec précis. De la manière, le avi est aussi un container.
Le lecteur VLC à l'avantage d'avoir la plupart des codecs d'intégré. Ceci à l'avantage de ne pas devoir installer des codecs supplémentaire.