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Mais elle est vérifiable! Je t'ai déjà expliquer plusieurs exemples à l'appuie comment les comparaisons des séquences d'ADN de différentes espèces, les découvertes fossiles et les observations embryologiques permettentde s'adonner à des prédictions et à des les vérifier. De même que tout cela soumet les prédictions évolutives à des falsifications potentielles. Soyons clairs lorsque tu parles de «paradigme». Tout d'abord que les modifications génétiques conférant le lon cou à la giraffe aient pu apparaitres et se fixer par les processus ayant cours en génétique des populations, à savoir la sélection et/ou la dérive génétique, oui ces mécanismes sont connus, étudiés, observés et même modélisés. Cependant même si ces mécanismes sont connus on ignore néanmoins comment cette évolution vers un long cou s'est effectués et pour quelles «raisons» exactement. Par exemple l'allongement du cou mais aussi des pattes représentait-il un anvantage adaptatif? Ou alors était-ce plutôt une question de sélection sexuelle? Ou alors mieux encore n'y a-t-il pas une explication Pléiotropique là-dessous? N'est-il pas possible que les allèles impliqués dans l'allongement du cou n'aient pas été sélectionnées pour d'autres raisons car codant d'autres caractères qui eux pouvaient être réellement utile? Mieux ne peut-on pas voir une certaine allométrie doublé d'une certaine Pléiotropie dans l'allongements des cou et pattes de la girafe par apport à un ancêtre aux proportions similaires à celle de l'Okapi? Ces questions ne sont pas tranchées néanmoins elles ne remettent pas en question le fait que les mutations génétiques se soient fixées par les processus ayant cours en génétique des populations. Il n'y a donc pas «crise» mais ce que Stephen Jay Gould appelait une «extension» de la Théorie de l'Évolution. Critiquer l'idée que chaque caractéristique phénotypique est directement le fruit de la sélection naturelle a d'ailleurs été l'un des Cheval de bataille de Stephen Jay Gould et de ses collègues Richard Lewontin et Elizabeth Vrba. Cette critique ces scénarios ultra-adaptationnistes a même été illustré par un joli nom à savoir Just-So-Story. Mais donc ces critiques ne doivent pas être confondu avec les démonstration du paradigme évolutif au sens large ainsi que des reconstructions phylogénétiques, tous falsifiables grâce aux données combinés de la génétique, de l'embryologie et de la paléontologie. Encore une fois tu t'emmêles les pinceaux. Par exemple les reconstructions phylogénétiques sont falsifiables, de même que la Théorie de l'Évolution en général. Par exemple il suffirait qu'un généticien prouve qu'en réalité et de manière prépondérante les mutations ne sont pas aléatoires mais fonction du mode de vie de l'organisme et donc se produisent en fonction des contraintes environnementales (je ne parles pas que du taux de mutations mais bel et bien de mutations spécifiques sensés répondre aux contraintes environnementales) et alors toute la théorie de l'évolution serait à revoir. Ou alors que l'on démontre la plus grande présence d'ERVs en commun et sur des séquences orthologues du génome entre l'humain et l'ornythorinque qu'entre l'humain et le chimpanzé! Ou alors qu'il n'existe aucune cohérence morphologique dans les reconstructions phylogénétique. Ainsi l'existence de créatures mythologique comme le Pagase ou le Griffon mettrait réellement la théorie de l'évolution. Pourquoi? Simplement parce que les contraintes structurale ainsi que le principe de monophylie tout deux intégrés dans la théorie de l'évolution, interdit que chez de tétrapodes l'on trouvent une chimère du style un mammifère avec une pair de membres supplémentaire qui serait qui plus est des membres d'oiseaux à savoir ici des ailes d'oiseaux. Normal chez les tétrapodes cela ne colle pas pour des raisons structurales évidentes et impossible de l'expliquer par des transferts horizontaux de gènes bien trop rares et/ou limités chez les tétrapodes. Bref le paradigme évolutif est déjà vérifiable et falsifiable et comme vu ici il prend déjà en compte des choses qui te tiennent à cœur Frelser à savoir les contraintes structurales et cela n'est pas vrai qu'au niveau phénotypique mais également au niveau moléculaire. Les avancés en matière de contraintes structurales, la pléiotropie, l'épistasie ou encore les hétérochronies que tu mentionnes ici, sont bel et bien intégrés à la Théorie de l'Évolution, Théorie de l'Évolution qui n'est pas en «crise» mais qui n'a cessé d'être affiné depuis Charles Robert Darwin et donc bon nombre de prédictions ont depuis pu être vérifié.

Allons donc je ne t'ai pas taxé de créationniste j'ai simplement dit que certains de tes propos rappellent ceux tenus par certains créationnistes. Notamment les propos consistant à soutenir l'existence d'une «crise» en raison de données manquantes et donc de détail inconnus et/ou à corriger dans les reconstrctions phylogénétiques. Ce qui est bien évidemment du ressort du sophisme. J'avais pourtant déjà préciser ce que l'on entends généralement par gradualiste, et en quoi je ne niais non plus pas les cas d'évolution plus rapides, y compris par certaines mutations induisant des changements phénotypiques remarquables. As-tu lu mes deux liens consacrés au développement et à l'évolution des ailes des Chauves-Souris? Là aussi cela à été mis en avant en étudiant le développement embryologique de ces animaux. Le truc c'est qu'il y a bien sûr une différence entre ces cas d'innovations phénotypique rapides et l'hyper-saltationnisme (que j'oppose donc à l'approche dit gradualiste voir mes messages précédents) voulant que l'on puisse passer en une génération à une espèce complètement différente. De plus compte-tenu des données fossiles actuelles il est évident que l'évolution peut avoir différents rythmes. Dans certains cas l'évolution pouvant être remarquablement graduel dans d'autres cas suivre des changements brutaux de rythme en accord avec la théorie dit des équilibres ponctués. Bref si par saltationnisme tu veux dire qu'il existe des innovations phénotypiques et/ou des événements de spéciations remarquablement rapides alors là oui. Si en revanche tu entends que l'évolution se déroulerait quasi-exclusivement selon cette modalité alors là non, de même que l'hypersaltationniste voulant que l'on puisse obtenir une espèce totalement totalement différente en une génération (par exemple un réarrangement totale du «plan d'organisation») cela ne semble pas être le cas ou alors de manière extrêmement rare dans l'histoire du vivant. Note cependant bien qu'encore une fois les cas d'innovations phénotypiques importantes et rapides (comme l'exemple des ailes des Chauves-Souris) que je t'ai mentionné, eux peuvent en revanche être relativement fréquents sans pour autant représenter le mode d'évolution exclusif dans l'histoire de la vie. Mais ce serait formidable! Crois-tu que l'allométrie, la connaissance des effets des mutations sur des séquences ciblées et une meilleure prise en compte des contraintes structurales pour augmenter le caractère prédictif de l'évolution ne sont pas des choses qui me fascinent moi aussi? Là encore Frelser je constate que tu t'intéresse à des choses plus qu'intéressantes, ce que je ne comprends pas c'est où vois-tu une crise là où je vois les extensions et progrès scientifiques majeure dans la Théorie de l'évolution. À moins que tu ne croyais réellement que cette dite Théorie était resté figée depuis les années 1950-1960? Ce n'est bien évidemment pas le cas et les avancées que tu mentionnes là en sont bien la preuve! Encore une fois je suis tout autant fasciné par ces avancées. Mais attention évite d'employer le terme «dinosaure» de manière péjoratives. Car n'oublions pas qu'il y a aujourd'hui deux fois plus d'espèces de dinosaures que de mammifères. Et que ces dinosaures contemporains sont de vrais champions en matière d'adaptations!

Eh bien renseigne toi sur l'arbre phylogénétique des vertébrés, tu verras rapidement qu'il existe de multiples autres espèces fossiles ou vivantes, permettant de mieux comprendre la positions phylogénétique des espèces que tu mentionnes là dans l'arbre du vivant. Maintenant si tu dis qu'il y a toujours une crise majeure pour la théorie de l'évolution car on n'a pas retrouvé tous les fossiles de tous les ancêtres de ces espèces pour pouvoir établir des liens généalogiques ultra-précis c'est vraiment que tu n'as rien compris à ce qui t'a été expliqué jusqu'ici en matière de démosntration phylogénétique et cladistique ou alors pire encore que ton discours rejoindrait malheureusement celui de certains créationnistes. Comme je l'ai déjà dit l'écrasante majorité des fossiles n'ont pas de traces ADN donc pas de rétrovirus endogènes et d'autres marqueurs génétiques. Si nous avions à disposition l'ADN des fossiles que tu mentionne là nous aurions pu éclairer les liens de parenté de manière bien plus précise dans le buissons évolutif que constitue le clade des Hominidés. Car les divers fossiles que tu mentionnes là sont de magnifiques intermédiaires structuraux, le truc c'est que certains se ressemblent tellement et qu'il est difficile d'établir des liens de parenté très précis sans donné génétique complémentaires. Ainsi même si par exemple l'on sait que Homo ergaster est plus proche de l'homme moderne que Homo habilis pour autant on n'affirme pas que l'un est l'ancêtre de l'autre ni même n'est l'ancêtre de l'homme moderne et non pas un proche cousin du ou des ancêtres(s) en question. D'ailleurs les ressemblances entreHomo ergaster et certains Homo erectus asiatiques sont telles que certains pensent même qu'il s'agirait de la même espèce. Ce genre de difficulté à établir des liens de parentés précis avec les fossiles est normal lorsque les fossiles abondent et qu'il existe un réel continuum entre certaines populations à travers la géographie et/ou le temps. On trouve même ce genre de difficulté à classifier avec certaines espèces vivantes formant des variations clinales ou des anneaux de spéciation. À ce titre la précédente vidéo que je t'ai mise en lien aurait pourtant du t'éclairer sur la question de la démonstration par les fossiles ainsi que les explications que je t'avais déjà exposé. Autre exemple Archaeoptéryx est un intermédiaire structurale validant l'origine dinosaurienne des oiseaux. Et cela même si il ne s'agit très probablement pas de l'ancêtre des oiseaux modernes. Étrange que tu vois dans tout cela des problèmes Frelser je pensais pourtant que tu maîtrisant la cladistique et son pouvoir démonstratif. La Théorie a déjà tranché en prouvant son pouvoir prédictif, de multiples fossiles d'hominidés représentant des intermédiaires structuraux entre ce que nous appellerions un «primate non-humain» (ou «singe)» et un être humain, ont été retrouvé, cela conformément aux liens de parenté établis par la génétiques entre l'homme et les grands singes actuels (y compris donc avec les rétrovirus endogènes). Là encore Frelser tu cherches des problèmes majeurs pour la Théorie de l'Évolution là où il n'y en a pourtant aucun! Mais bon je vais m'absenter quelques jours c'est pour toi l'occasion de relire attentivement mes précédents messages et de te renseigner de manière plus solide en matière d'évolution, de phylogénie et de cladistique notamment et cela via des sources autrement plus fiables et sérieuses que Michael Denton. À ce titre voici quelques liens utiles. Understanding Evolution Understanding Evolutionary Trees Evolution Is a Fact and a Theory Review of Michael Denton's Evolution: A Theory in Crisis Falsifying Phylogeny Part I Aller salut!

Comme je l'ai dit les divergences concernent des point de l'arbre où soit l'on manque de données précises dont qui n'ont pas été suffisamment étudié et/ou les données sont manquantes, soit où des polytomies (qui trahissent des spéciations sur le mode de la cladogenèse) et/ou des transferts horizontaux de gènes brouillent les pistes. Pour les archées par ailleurs il n'y a rien de surprenant quand à l'existence de désaccords ses derniers pouvant être soumis à de multiples transferts horizontaux de gènes avec des organismes unicellulaires phylogénétiquement éloignées que sont les bactéries et les eucaryotes unicellulaires notamment. Mais bon à toi aussi bonnes continuation!

Bien sûr que cela y répond à moins que tes interrogations soient autres et que tu exprimes mal. C’est un exemple illustratif parmi bien d’autres et je doute que tu puisse nier cet exemple et la démonstration par la réalisation de la prédiction phylogénétique et évolutive en question. D’ailleurs il y a bien d’autres exemples en matière de fossiles j’ai mentionner le cas de l’évolution des oiseaux elle aussi pondéré et confirmé par l’embryologie, mais on peut en ajouter avec les cétacés avec là encore des fossiles et l’embryologie ainsi que bien d’autres. J’aurais également pu mentionner le cas du génome humain comparé à celui du chimpanzé ainsi que le génome d’autres espèces. On a trouvé bien plus qu’un seul fossile que cela soit avec l’évolution des mammifères ou d’autres lignées. Par ailleurs je t’ai expliqué en quoi les prédictions faites en matière de phylogénie se confirment avec les découvertes fossiles ainsi qu’avec d’autres données notamment les observations embryologiques. Si tu affirmes que ces démonstrations sont boiteuses il va falloir le justifier clairement. Peux-tu sîl te plaît lire mes messages correctement j’ai pourtant bien précisé ceci. Sinon j’ai l’impression que tu as quelques confusions concernant le terme «graduel». En effet ici on parle d’évolution graduelle par opposition au saltationnisme le plus extrême. Mais si l’évolution est globalement graduelle, c’est-à-dire qu’on ne peut pas voir apparaître en une génération un génome totalement transformé et/ou une espèce totalement différente, cela ne veut pas dire qu’il n’existe pas des irrégularités liées aux processus évolutifs connus eux-mêmes. Par exemple certaines mutations peuvent avoir un effet phénotypique important. Des réarrangements du caryotype (fusions et fissions chromosomiques) peuvent mettre ne place rapidement des barrières reproductives entre certains individus et donc induire des spéciations. D’autre part des fluctuations démographiques et bouleversement environnementales peuvent renforcer la sélection et/ou la dérive génétique et donc là encore favoriser des changements rapides au sein des populations. Tout cela se confirmant empiriquement ainsi que dans le registre fossile d’où la Théorie dite des Équilibres Ponctués de Stephen Jay Gould et Niles Eldredge. Ces constatations de l’irrégularité de certains changements ne sont cependant pas des remises en questions de reconstructions phylogénétiques. Car les principes ayant cours en génétique des populations expliquent assez aisément ces irrégularités. Mais à mon avis ici tu parles des polytomies que peuvent générer les cas de spéciations rapides (ainsi que parfois les hybridations entre espèces proches) lors des reconstructions phylogénétiques n’est-il pas? Car certes les cas de spéciation rapides peuvent brouiller les pistes dans les phylogénies moléculaires, mais donc il est faut de parler d’impasse ou de crise pour la Théorie de l’Évolution, puisque ce «brouillage de piste» moléculaire s’explique par les mécanismes ayant cours en génétique des populations! Dit plus simplement les Équilibres ponctués et les polytomies ne sont pas des impasses mais des conséquences normales des processus ayant cours en génétique des populations et donc en biologie de l’évolution. Et donc ce que l’on constate aussi bien dans le registre fossile que dans les génomes des espèces actuelles, que dans les reconstructions phylogénétiques, correspond avec les mécanismes directement observé en génétique des populations. Il n’y a pas de conflit majeur imposant d’affirmer que la Théorie de l’Évolution est en crise. C’est bien plus que cela! Les chercheurs se basent sur les mécanismes génétiques observés et comparent de nombreuses séquences si ce n’est des génomes entiers. Ils se basent notamment sur des éléments génétiques mobiles dont les positions communes chez différentes espèces ne peut s’expliquer que par un ancêtre commun, les rétrovirus endogènes en faisant partie. Le fait que tu parles de ces démonstrations comme de simples approximations relève simplement une mauvaise compréhension de ta part des démonstrations en question. 1. Les rétrovirus endogènes sont des outils solides en matière de reconstructions phylogénétique. 2. Je t’ai déjà expliqué comment les fossiles permettent de valider les reconstructions phylogénétiques. Même si l’on ne peut pas avéré que Archaeoptéryx est un ancêtre des oiseaux modernes il demeure une démonstration de l’appartenance des oiseaux au clade des Dinosaures Théropodes Cœlurosauriens Maniraptoriens. Par ailleurs pour d’autres exemples ainsi que d’explications concernant la démonstration des liens de parenté par les découvertes fossiles je te recommande la vidéo suivante. Non ta présente prose prouve que tu n’as pas compris mes précédentes explications sur les rétrovirus endogènes. Jamais tu ne trouveras chez les escargot plusieurs rétrovirus endogènes homologues et et présents sur des séquences orthologues à celle de l’être humains. Mais donc si malgré tout du venais un jour à trouver un escargot possédant d’avantage que chez les chimpanzés, de rétrovirus endogènes homologues et présents à des endroits orthologues à ceux présents chez les êtres humains, là tu aurais une falsification de la phylogénie actuellement établie. Bien plus que cela, mes exemples montrent comment des phylogénies sont solidement établies et comment les séquences d’ADN étudiés chez différentes espèces concordent avec les mécanismes génétiques observés. Si pour toi cela ne constituent pas des prédictions suffisante c’est soit que tu n’as pas compris celles-ci (ce que me laisse penser ta dernière remarque sur les rétrovirus endogènes) soit que pour une raison indéterminée tu ne veux surtout pas comprendre les démonstrations en question. Là encore tu prouve que tu n’as rien compris! Une arbre de l’évolution? Bien sûr mais l’arbre est tellement vase qu’il est difficile de la schématiser en une seule fois. Cependant pour commencer il faut noter les transferts horizontaux de gènes et les endosymbioses tous deux relativement nombreux chez les organismes unicellulaires fait que la «base» de l’arbre de la vie (ou l’arbre de l’évolution si tu préfères) ressemble d’avantage à une toile. Toile dont tous les détails ne sont pas connus mais donc il existe des point déjà avéré comme l’origine endosymbiotiques des mitochondries ou des chloroplastes. Ensuite si on ressert l’arbre sur le clade des animaux ou plus serrer encore sur le clade des vertébrés nous obtenons l’arbre suivant. Puis si l’on ressert sur les mammifères cela donne l’arbre suivant. Alors certes tu peux toujours fuir en avant et dire que tous les détails ne sont pas connus et/ou que certaines corrections sont susceptibles d’avoir lieu. Certes! Mais si des détails sont inconnus et/ou pas sûr ce n’est généralement que parce que les données manquent, et donc il suffit de nouvelles études pour mettre en avant ce qui manquent et/ou corriger certains détails. Tout au plus il reste certains cas en raison d’événement de spéciations passées rapides et/ou d’hybridations entre espèces proches, ces mécanismes s’expliquant également par ce qui est observé en génétique des populations. Mais donc surtout il s’agit de détails, jamais tu ne verras des données génétiques imposant des remises en cause majeur genre le placement des primates parmi les monotrèmes ou les marsupiaux. Ni même tu ne peux espérer au vue de la compilation de données génétiques et morphologiques existante avoir un doute sur le fait que l’homme appartient à l’ordre des primates et non pas des carnivores. Bref nous avons des reconstructions phylogénétiques sûres bâtis sur un nombre important de données et en concordance avec les mécanismes génétiques et plus généralement évolutifs connus.

La Théorie est déjà explicative, les divers mécanismes, mutations, sélection, dérive génétique, transferts horizontaux de gènes, contraintes, Pléiotropie, épistasie sont prises en compte elles sont toutes prises en compte y compris dans la détermination des liens de parenté donc dans les reconstructions phylogénétique. Quand à la cladogenèse elle est également prise en compte, elle trouve même des explciations dans des mécanismes génétique telle que les réarrangement de caryotypes ou les facteurs écologiques telles que les changements environnementaux brutaux. Et ce mode de spéciation est bien sûr considéré comme il se doit dans le reconstructions phylogénétique. Encore une fois tout cela est pris en compte dans la théorie de l'évolution. Te souviens-tu de l'expérience d'élevage faites sur des Renards que l'on soumet à sélection pour des caractéristiques purement comportementales mais aboutissant en même temps à des modifications morphologiques importantes? La pléiotropie est considéré non seulement dans la domestication du chien mais également dans l'évolution de l'être humain via les caractères néotoniques que nous retenons, mais également dans l'évolution des protéines. Et concernant les gènes impliqué dans d'important phénotypes et donc la modification pourrait influer de manière majeure les phénotypes en question au point de provoquer d'importantes innovations évolutives, c'est également pris en compte par les chercheurs, à ce titre je te conseilles ces deux études sur l'évolution des ailes des chauves-souris. Development of bat flight: Morphologic and molecular evolution of bat wing digits Interdigital webbing retention in bat wings illustrates genetic changes underlying amniote limb diversification Ou comment de petites mutations sur des gènes spécifiques peut entraîner rapidement d'importantes innovations évolutives! La Théorie de l'évolution incluant aujourd'hui divers mécanismes explicatifs y compris ceux que tu as mentionné là et qui font donc l'objet d'études et de démonstrations génétiques. Tout comme les reconstructions phylogénétiques faisant elles aussi l'objets d'études approfondies et de démonstrations scientifiques rigoureuses. Les chercheurs ont déjà cerné des contraintes bio-moléculaire et la théorie est prédictive! Par exemple l'évolution neutre et la sélection naturelle sont deux composantes de la Théorie de l'Évolution, c'est-à-dire des mécanismes explicatifs de l'évolution. Ces deux mécanismes explicatifs ainsi que les contraintes biomoléculaires pouvant existé sur certains gènes ont permis de faire une prédiction selon laquelle les gènes important évolueraient en moyenne moins vite que les séquences neutre ou de moindre importance. Cette prédiction a pu être confirmé via différentes notamment celle portant sur le Rat Taupe que je t'avais détaillé dans un de mes messages précédents. C'est faux elle ne se contente pas que de spéculations mais elle permet bel et bien des prédictions susceptibles d'êtres vérifiées, plusieurs exemples t'ont déjà été apportés. Les positions taxonomiques des différentes espèces ne se base pas sur de simples spéculations et/ou des inférences bancales. Les rétrovirus endogènes ne sont pas des outils douteux pour établir des liens de parentés. Par exemple penses-tu que le fait d'attribuer une plus grande parenté du chimpanzé avec l'homme qu'avec un macaque rhésus est un positionnement taxonomique incertain n'ayant pas de bases démonstrative solide? Si tu le penses réellement peux-tu nous dire pourquoi? Sinon j ne peux que te réitérer mon conseil d'aller explorer d'autres sources que Michael Denton!

Si, ils le permettent. Par exemple les nombreux rétrovirus endogènes partagés par les hommes et les chimpanzés sont une démonstration flagrante de leurs liens de parentés via un ancêtre commun. Et le fait que l'on retrouve moins de rétrovirus partagé par l'homme et d'autres grands qu'avec le chimpanzé est l'une des démonstrations les plus claires de la plus grande proximité de l'homme avec le chimpanzé qu'avec les autres grands singes. Pourquoi? Parce que les modalités d'acquisition et de transmission des rétrovirus endogènes font que la partage de plus nombreux rétrovirus endogènes aux même endroits du génome, chez l'homme et le chimpanzé qu'avec les autres grands singes ne peut s'expliquer que par un lien de parenté plus étroit. Les capacités ont les as et cela notamment via l'usage de prédictions qui sont susceptibles d'être vérifié par des découvertes ultérieures. Le truc c'est que ce que tu dis ici a tout du sophisme. En effet tu sembles affirmer que parce qu'il existe des «trous» dans les reconstructions phylogénétiques dut au fait que le registre fossile soit incomplet et que plus généralement l'ADN de la plupart des êtres vivants aujourd'hui disparus nous est inaccessible alors il y a une remise en cause de la «capacité de la Théorie de l'Évolution» à combler ces «trous» et donc il y aurait crise de la dite Théorie de l'Évolution. Or cela est un sophisme car le caractère lacunaire des données, ne signifie pas que la théorie qui se base sur ces dernières, est impotente et/ou en crise. Mieux encore la Théorie de l'Évolution peut même être testée en anticipant les découvertes à venir qui serait susceptibles de la confirmer. Si la prédiction ainsi effectué vient à se voir confirmer par de nouvelles découvertes alors la Théorie de l'Évolution prouve son pouvoir prédictif et donc sa «capacité» prédictive si l'on peut dire. À ce titre les principes évolutifs et leurs implications prédictives en matière de changement morphologiques sur le long terme peuvent s'illustrer dans le cas de l'évolution des mammifères. En effet un point intéressant concernant l'apparition des mammifères à partir de lointains ancêtres «reptiliens», est celui de l'évolution des osselets de l'oreille moyenne des mammifères que sont le marteau (malleus), l'enclume (incus) comme l'illustre l'image ci-dessous. En effet comment pareils osselets ont-il peu évoluer graduellement? Pour les chercheurs il est apparu très tôt que les osselets de l'oreille moyenne des mammifères sont homologues à deux os faisant office d'articulation chez les «reptiles» à savoir l’os articulaire et l’os carré. D'ailleurs le registre fossile de l'époque indiquait que les premiers amniotes, parmi lesquels devaient figurer les ancêtres des mammifères, avaient eux-même une articulation «reptilienne» de la mâchoire comme l'indique le schéma ci-dessous. Ainsi les chercheurs affirmèrent qu'au sein de la lignée ayant mené aux mammifères, l’os articulaire et l’os carré articulant la mâchoire de ces ancêtres, ont peu-à-peu évolué de manière graduelle pour devenir au final les fameux osselets de l'oreille moyenne qui nous sont si utiles à l'audition. Les chercheurs affirmant également qu'entre temps une nouvelle articulation de la mâchoire est apparu via la mandibule et l’os squamosal. Mais donc il existe apparemment un gros problème! Pareille chose qui n'a apparemment pas pu évolué graduellement cela semble même impossible! Car comment un os servant à l'articulation de la mâchoire peut-il devenir un os de l'audition? Et comment donc ces os de la mâchoire ont pu évoluer pour devenir des os de l'audition alors qu'en même temps une autre articulation de la mâchoire serait apparu? Il y a apparemment là un intervalle phénotypique et morphométrique absolument impossible à combler via le modèle d'évolution graduelle! De plus face à cette inconstance les chercheurs étaient initialement dépourvus du moindre intermédiaire structural dans le registre fossile pour justifier leur scénario évolutif. Scénario évolutif se basant apparemment uniquement sur la préconception d'une évolution graduelle telle que l'avait théorisé Charles Robert Darwin. Cependant même si ils n'avaient pas de fossiles sous la main les chercheurs disposaient d'un autre indice pour valider leur scénario de l'évolution graduelle des osselets de l'oreille moyenne à partir d'os d'articulation de la mâchoire. En effet les chercheurs savaient aux travers d'observation d’embryons de mammifères que les deux des osselets de l’oreille moyenne que sont le marteau et l'enclume, se forment durant le développement de l’embryon puis du fœtus, à partir du cartilage particulier. Ce cartilage s'appelle le Cartilage de Meckel. Or le cartilage de Meckel n’est rien d’autre en fait que la future mâchoire inférieure des mammifères (voir image ci-dessous). Mais on retrouve également ce même cartilage chez les embryons de «reptiles». Voici une illustration du cartilage de Meckel durant le développement du futur enfant. On remarque ici que le futur marteau (malleus) et la future enclume (incus) sont encore attaché à la futur mâchoire inférieure, mais durant le développement ils s’en détacheront pour former de manière définitive le marteau et l’enclume de l’oreille moyenne tandis que le reste du cartilage de Meckel continuera à se développer pour former la mâchoire inférieur du nouveau-né, ce développement est d’ailleurs le même pour l’ensemble des mammifères. La différence est que chez les reptiles ce cartilage continue son développement en voyant se former sur sa partie postérieure l'os articulaire et l'os carré qui formeront donc la future articulation de la mâchoire des «reptiles». Mais chez les mammifères la même partie inférieure du cartilage de Meckel, se détache pour former à terme les osselets de l'oreille moyenne des mammifères! Cette observation embryologique confortant l'idée que les os articulaire et carré des «reptiles» sont respectivement homologues au marteau et à l'enclume des mammifères. Mais là encore une personne comme Michael Denton y verrait un problème insoluble, car même si les indices embryologiques montrent que les os articulaires et carré sont respectivement homologues au marteau et à l’enclume, cela ne résout pas le problème de pareille transition évolutive. En effet même si les chercheurs proposent que l’os articulaire et l’os carré ont pu évoluer graduellement pour devenir les osselets de l’oreille moyenne, il aurait fallu qu’en même temps la mandibule et l’os squamosal prennent le «relai» pour former une nouvelle articulation de la mâchoire. Cela paraît pour le moins irréalisable. Cependant les chercheurs avaient déjà proposé une hypothétique solution à ce problème en concordance avec le paradigme d’une évolution graduelle. En effet les chercheurs disent que la nouvelle mâchoire mammalienne a pu apparaitre avant quand les os articulaires et carré aient abandonné leur fonction d’articulation de la mâchoire. Les chercheurs affirmant donc que l’évolution des amniotes «reptiliens» vers les mammifères a du se faire en passant par des créatures pourvu d’une double articulation de la mâchoire. Ainsi les chercheur affirmèrent qu’il a dut exister des «intermédiaires structuraux» pourvu à la fois d’une articulation «reptilienne» et d’une articulation mammalienne de la mâchoire. Bien évidemment à l’époque où pareille proposition fut faite pas le moindre fossile de pareille créature ne fut trouvé mais donc une prédiction fut faite sur ce qui aurait dut être retrouvé. Et la prédiction fut réalisée! En effet depuis de nombreux fossiles d’un ordre nommé Thérapsides furent retrouvé, et parmi ces derniers le sous-ordre des Cynodontes comprenant plusieurs espèces montrant cette double articulation de la mâchoire. Mieux encore la succession des espèces composant ce sous-ordre nous permet de constater l’évolution des os de l’articulation «reptilienne» vers les osselets de l’oreille moyenne des mammifères (voir image ci-dessous). Et donc nous avons là la réalisation d’une prédiction évolutive en matière, d’homologie, de modalité évolutive et plus largement de phylogénie! Cet exemple marche bien évidemment avec d’autres lignées et structures anatomiques comme par exemple l’évolution des oiseaux à partir de petit Dinosaures Théropodes Cœlurosauriens. Bref le paradigme évolutif de la Théorie de l’Évolution s’avère prédictif et même si certains détails demeurent inconnus ou incertains en raison du caractère forcément lacunaire du registre fossile cela ne signifie pas que l’on ne puisse pas soumettre le paradigme à l’épreuve et le confirmer. La sélection naturelle est simplement un des mécanismes entrant en jeu dans l’évolution des populations. Il n’est donc pas directement question de reconstruction phylogénétique. Cependant la sélection naturelle et la dérive génétique sont des mécanismes qui expliquent certaines constations en matière de génétique. Par exemple les différences de rythme des différentes séquences ADN. Concernant les rétrovirus endogènes se sont de formidables outils pour déterminer des liens de parentés et donc des reconstructions phylogénétiques. Les modalités d’acquisition et de transmission des rétrovirus endogènes étant ce qu’ils sont, le partage de mêmes rétrovirus endogènes aux mêmes endroits du génome chez différentes espèces ne peut que s’expliquer par un ancêtre commun, Et si deux espèces partagent d’avantages de rétrovirus endogènes en des endroits orthologues du génomes qu’ils n’en partagent avec d’autres espèces, cela signifie que ces deux espèces sont d’avantage apparentés entre elles qu’elles ne le sont avec les autres. Si l’on ajoute les rétrovirus endogènes à d’autres données génétiques et morphologiques nous pouvons même établir des phylogénies remarquablement étayées et solides. Le cas de l’évolution des mammifères que je t’ai illustré plus haut ainsi que celui des oiseaux devraient te satisfaire au plus haut point! Sinon j’ai l’impression que tu as quelques confusions concernant le terme «graduel». En effet ici on parle d’évolution graduelle par opposition au saltationnisme le plus extrême. Mais si l’évolution est globalement graduelle, c’est-à-dire qu’on ne peut pas voir apparaître en une génération un génome totalement transformé et/ou une espèce totalement différente, cela ne veut pas dire qu’il n’existe pas des irrégularités liées aux processus évolutifs connus eux-mêmes. Par exemple certaines mutations peuvent avoir un effet phénotypique important. Des réarrangements du caryotype (fusions et fissions chromosomiques) peuvent mettre ne place rapidement des barrières reproductives entre certains individus et donc induire des spéciations. D’autre part des fluctuations démographiques et bouleversement environnementales peuvent renforcer la sélection et/ou la dérive génétique et donc là encore favoriser des changements rapides au sein des populations. Tout cela se confirmant empiriquement ainsi que dans le registre fossile d’où la Théorie dite des Équilibres Ponctués de Stephen Jay Gould et Niles Eldredge. Ces constatations de l’irrégularité de certains changements ne sont cependant pas des remises en questions de reconstructions phylogénétiques. Car les principes ayant cours en génétique des populations expliquent assez aisément ces irrégularités. Mais à mon avis ici tu parles des polytomies que peuvent générer les cas de spéciations rapides (ainsi que parfois les hybridations entre espèces proches) lors des reconstructions phylogénétiques n’est-il pas? Car certes les cas de spéciation rapides peuvent brouiller les pistes dans les phylogénies moléculaires, mais donc il est faut de parler d’impasse ou de crise pour la Théorie de l’Évolution, puisque ce «brouillage de piste» moléculaire s’explique par les mécanismes ayant cours en génétique des populations! Dit plus simplement les Équilibres ponctués et les polytomies ne sont pas des impasses mais des conséquences normales des processus ayant cours en génétique des populations et donc en biologie de l’évolution. Et donc ce que l’on constate aussi bien dans le registre fossile que dans les génomes des espèces actuelles, que dans les reconstructions phylogénétiques, correspond avec les mécanismes directement observé en génétique des populations. Il n’y a pas de conflit majeur imposant d’affirmer que la Théorie de l’Évolution est en crise. Oulah apparemment tu as une vision totalement fausse sur la manière dont les reconstructions phylogénétiques sont effectuées. Premièrement on ne considère pas l’ADN des lamproies comme «remontant à l’aube de l’apparition du vivant sur Terre». En fait on ne considère même pas l’ADN des lamproies comme étant plus ancien que l’ADN des autres vertébrés comme par exemple les mammifères. Normal il ne l’est pas. Les lamproies ont continué d’évolué depuis le dernier ancêtre commun qu’ils partagent avec les vertébrés. De la même manière on ne considère pas que le génome des chimpanzés à moins évolué depuis le dernier ancêtre commun que nous partageons avec ce dernier. Normal la lignée ayant mené aux Chimpanzé a continué à accumuler des mutations tout comme la nôtre. Mais donc même si aucune lignée d’être vivant moderne n’a vu son génome cessé d’évoluer au cours du temps on peut reconstituer de manière rigoureuses les liens de parentés. Comment? Par les similitudes et différences génétiques des différents organismes. Deux espèces ayant un ancêtre commun plus récent partagent forcément d’avantage de séquences communes que deux espèces moins apparenté. Par ailleurs on prend soin de ne pas comparer n’importe quelle partie du génome car comme nous l’avons vu certains gènes sont soumis à des balayages sélectifs limitant leur degré d’évolution. Les séquences d’ADN accumulant des mutations à un rythme relativement constant chez diverses lignées constituent de bon indicateurs du degré d’apparentement. Mais surtout on peut se servir de séquences particulières comme les rétrovirus endogènes précédemment cités. Car come déjà dit les modalités d’acquisitions et de transmission de rétrovirus endogènes fait que si l’on trouve les mêmes rétrovirus endogènes aux mêmes endroits du génome chez deux espèces cela ne peut s’expliquer que par un ancêtre commun. Et donc si deux espèces ont d’avantage de rétrovirus endogènes aux mêmes endroits du génome qu’une autre espèce, cela signifie que les deux premières espèces sont d’avantage apparentées l’une à l’autre que la troisième espèce. De plus hormis les séquences d’ADN on peut se servir d’autres éléments tels que les vestiges embryologiques. Par exemple les embryons de cétacés voient apparaitre au début de leur développement les bourgeons des membres postérieurs qu’ils perdront pourtant par la suite après la naissance, le tout confirmant leur apparentement avec les mammifères terrestres. Bref les méthodes ne sont pas «douteuses et boiteuses» au contraire on se base sur des principes observé (ceux ayant cours en génétique en générale et en génétique des populations en particulier) pour déterminer les apparentements puis on recoupent les données génétiques avec des données embryologiques, anatomique et paléontologiques afin de valider ou de réfuter les prédictions fait en matière de parenté. Il arrive que certains lien de parenté soient corrigé car s’étant initialement basé sur un nombre trop faible de données génétiques et/ou morphologiques. Mais donc si l’on prend par exemple les divers reconstructions phylogénétiques des Tétrapodes on ne constate pas d’anomalies majeures témoignant d’une crise remettant en cause la phylogenèse, la cladistiques et donc la Théorie de l’Évolution en général. Pourtant il suffirait par exemple d’une anomalie particulière pour poser réellement problème à la phylogenèse. Imagine par exemple qu’une analyse génétique démontre que l’ornithorynque partage d’avantage de rétrovirus endogènes sur des séquences orthologues, avec l’être humain que nous même n’en partageons avec les grands singes! Cela contredirait d’autres données génétiques ainsi que d’importantes données anatomiques, embryologiques et paléontologiques. En fait pareille constatation ne pourrait s’expliquer par aucun mécanisme génétique et évolutif connu! Ce serait un réel problème. Et ce genre d’anomalies étaient présentes ailleurs alors là la «crise» deviendrait plus que majeure. Mais bien évidemment pareille anomalie n’existe pas et les données sont consistantes avec les grandes lignes de reconstructions phylogénétiques effectuées par les chercheurs. De quels fossiles Michael Denton parle-t-il exactement? Pour information si la phylogénie est basée sur la parcimonie c’est en raison notamment des mécanismes ayant cours en génétique des populations et donc dans l’évolution des populations. Et comme déjà dit certains éléments génétiques sont même remarquablement efficaces pour établir des liens de parentés solides. Par ailleurs si des fossiles apparentés ont peu de différences morphologiques entre eux en quoi cela est-il un problème? Michael Denton parle-t-il des cas de convergence évolutive ayant eu lieu et donnant de fausses impressions d’étroits de liens de parentés? Parce que là aussi ce serait un sophisme pour des raisons que j’expliquerai si nécessaire. Par ailleurs si le profane peut avoir du mal à voir certaines différences et/ou ressemblances chez les fossiles ce n’est pas forcément le cas des spécialistes. Nuance on ne peut pas jamais être sûr qu’un fossile est l’ancêtre direct d’une espèce actuelle mais certains spécimens fossiles sont des ancêtre potentiel d’espèces existant actuellement. Par exemple la forme africaine d’Homo erectus parfois nommé Homo ergaster peut potentiellement être la forme dont est issue Homo sapiens même si bien sur nous ne pouvons pas en être absolument certain. Certes pour d’autres fossiles comme Archaeoptéryx il est très peu probable que nous ayons à faire à l’ancêtre d’espèces actuels. Ainsi il y a très peu de chance que Archaeoptéryx soit l’ancêtre des oiseaux modernes. Mais donc cela n’annule en rien la validité de ce fossile en tant que confirmation d’une phylogénie faisant des oiseaux un taxon de dinosaures théropodes. De la même manière Vélociraptor n’est certainement pas un ancêtre des oiseaux modernes car il est un cousins qui était comptemporains des oiseaux qui existait déjà à son époque. Cependant le fait que des études approfondis de Vélociraptor aient mis en avant de nombreux attribue partagés avec les oiseaux, ainsi que la présence de plumes, confirme la phylogénie initialement proposé par Thomas henry Huxley, puis travaillé par le paléontologue John Ostrom, selon laquelle les oiseaux sont issue des dinosaures théropodes. En cela les découvertes fossiles constituent de magnifiques outils pour mettre à l’épreuve les reconstructions phylogénétiques. Tu confonds la question de la certitude des liens généalogiques exacte avec celle de l’établissement de proximité en termes d’apparentement. Car que Homo erectus soit ou non l’ancêtre direct d’Homo sapiens ou alors un simple cousin disparu ne change rien au fait que l’on puisse établir avec certitude que Homo erectus soit d’avantage apparenté à Homo sapiens que ne l’est Australopithecus africanus. Les reconstructions phylogénétique n’ayant pas pour but de déterminer des liens de généalogie direct et/ou ultra-précis mais de déterminer qui est plus proche de qui. De la même manière si tu découvres les ossement d’un homme moderne datant du Moyen-Âge tu ignores totalement si cet homme est un ancêtre direct ou alors si il est mort sans avoir laissé de descendance. Pour autant tu sais que cet homme est phylogénétiquement plus proche de toi que ne l’est Homo erectus, Australopithecus africanus ou que le chimpanzé. Bref Frelser tu vois des problèmes là où il n’y en a pas. Michael Denton adhère-t-il donc à une vision «ultra-structuraliste» de l’Évolution? J’aime personnellement beaucoup les approches insistant sur l’importance des contraintes structurales dans l’évolution des espèces, ce sont même là des approches très prometteuses. Mais donc où est le problème? Ces contraintes étant prises en compte par les spécialistes et ne s’opposant ni aux processus ayant cours en génétique des populations ni même dans les reconstructions phylogénétiques. Ces contraintes qu’elles soient «négatives» (c’est-à-dire limitant les innovations positives) ou comme Stephen Jay Gould disait également «positives» (c’est-à-dire ouvrant des nouvelles voies en matière d’innovations), ne remettent pas en cause les mécanismes ayant cours en génétique des populations et les reconstructions phylogénétiques basée sur les différentes éléments génétiques, anatomiques et/ou paléontologiques. Non elles ne sont pas ignorées! La pléiotropie, l’épistasie, les gènes architectes, les contraintes structurales, y compris au niveau moléculaires font l’objet d’études. Et on les définie qu’est-ce que l’épistasie et la pléiotropies sinon l’expression de contraintes et/ou de modalités particulières dans l’évolution en générale ou dans celles des protéines en particulier? Mieux les scientifiques étudient même les protéines et les gènes qui les codent pour reconstituer la manière dont celles ont évolués. Inversement que propose concrètement Michael Denton en la matière? Car si c’est pour dire que l’on n’est pas parvenu à reconstituer dans les moindre détails les chemins parcourus, mutations, par mutation dans l’évolution de toutes protéines c’est enfoncer une porte ouverte. Mais donc ce n’est une démonstration d’une non prise en compte de ces questions par les chercheurs ni même une démonstration d’une crise ou d’un problème insoluble qui remet en question la Théorie de l’Évolution. Michael Denton se plante complètement. Premièrement le «paradigme évolutif» c’est-à-dire l’évolution par production incessante de mutations et leurs fixations et changements de fréquences au fil du temps dans les populations avec comme résultant l’apparition de nouvelles espèces et/ou caractéristiques morphologiques et/ou métaboliques est avéré. De même que les liens de parentés entre différentes espèces grâce aux études sur diverses éléments génétiques, l’embryologie, l’anatomie comparée et le registre fossile, J’ai donné quelques exemples ci-dessus en la matière merci d’avance d’en tenir compte. La question des «intervalles évolutifs» ressemble furieusement à un sophisme. Revenons par exemple sur l’affirmation selon laquelle le fait que parce qu’on ne peut jamais être sûr qu’un fossile est l’ancêtre d’un autre ou d’une espèce moderne alors il y a problème pour le paradigme évolutif. Comme nous l’avons vu c’est un sophisme car bien évidemment qu’on ne peut jamais être sûr qu’un fossile est l’ancêtre d’un autre ou d’une espèce moderne mais cela ne diminue en rien le pouvoir démonstratif des fossiles représentant des «intermédiaires structuraux», la phylogénie s’accommodant parfaitement du fait qu’on ne puisse établir des certitudes sur les détails des liens généalogiques. Bref Michael Denton brasse de l’air, il semble ne pas comprendre les méthodes employé pour établir des phylogénies et donc reconstruire les arbres évolutifs, il n’amène aucune réfutation concrète du «paradigme» théorique qu’il prétend attaquer et pire encore ne propose lui-même strictement rien de concret! Mais bon les choses ont aussi énormément progressé depuis les années 1980 et donc ’attends le jour où Michael Denton nous expliqueras en quoi les rétrovirus endogènes ne sont pas de bon outils pour établir des phylogénies ou en quoi par exemple le registre fossile n’aurait pas confirmé que les oiseaux sont des dinosaures. Et/ou en quoi tout cela constituerait un problème pour le paradigme évolutif qu’il prétend attaquer. Bonus voici un article que vient de poster le Biochimiste Laurence A. Moran et qui peut t'être utile. Evolution Is a Fact and a Theory

Salut Frelser. Certes cependant cette partie du paradigme est admise par bien plus que le bon sens mais bel et bien par divers données confirmant cette partie du paradigme haut la main. Un excellent exemple de la chose sont les rétrovirus endogènes que Michael Denton ignorait peut-être encore à l’époque mais qu’il ne peut plus nier aujourd’hui. Three Layers of Endogenous Retroviral Evidence for the Evolutionary Model Il n’y pas de problème ici. D’une part le fait qu’on ne puisse jamais être sûr qu’un fossile est l’ancêtre d’un autre spécimen fossile et/ou d’une espèce moderne, ne change rien quant aux prédictions qui peuvent-être fait grâce à ces mêmes fossiles. Par exemple par leurs caractéristiques les oiseaux doivent être issus de reptiles archosauriens et plus exactement de dinosaures théropodes. Or si c’est le cas il doit exister dans le registre fossile des animaux présentant des configurations morphologiques intermédiaires aux caractéristiques basales des dinosaures théropodes non-aviens et à celles dérivées des oiseaux modernes. Bien évidemment tous ces intermédiaires structuraux ne sont pas des ancêtres, la plupart serait même des cousins disparus sachant que l’évolution est buissonnante et non-directionnelle. Cependant pareil clades intermédiaires ont du existés et le registre fossile confirme de manière éclatante cette prédiction. Et d’ailleurs plus les découvertes fossiles s’accumulent, plus la réalisation de ce type de prédictions augmente. Enfin le «schéma cladistique» ne correspond pas vraiment au rythme d’évolution, j’ai l’impression que tu parle plutôt de la cladogenèse ce qui ne décrit pas la même chose. La cladistique est la manière une manière de classifier les espèces mais elle ne nous dit pas vraiment si les espèces évoluent graduellement ou à vitesses très irrégulières par exemple. À l’inverse la cladogenèse désigne des modalités rapides de spéciation par opposition à l’anagenèse. Ben normal les gènes étudiés sont contemporains, de la même manière une espèce moderne comme l’homme ne peut pas être considéré comme l’ancêtre du chimpanzé ou le contraire. Tient observe les fossiles suivants. Les différences morphologiques sautent aux yeux et pourtant ne vois-tu pas là des ressemblances trahissant des liens de parentés. Maintenant essais ces fossiles. A-t-on avis il s’agit de quelles espèces? Après ça il faudra vraiment m’expliquer en quoi pareille réalisation des prédictions évolutives demeurent des difficultés pur la Théorie de l’Évolution comme semble le souligner Michael Denton. Euh oui ça a même l'air purement spéculatif, car je ne vois pas comment on pourrait honnêtement sortir des chiffres à ce sujet. D’ailleurs combien de gènes qui nous serons à jamais inconnus ont pu exister chez les multiples lignées d’êtres vivants aujourd’hui éteintes? J’ignore d’où il sort ces chiffres, et si ils correspondent à l’idée de la formation de protéines de manière purement aléatoire pour faire des spéculations probabilistes sur l’abiogenèse où alors carrément sur la faisabilité de l’apparition de nouvelles protéines par évolution. Les deux choses étant différentes. Mais dans les deux cas pareilles probabilités semblent douteuses. Que cela concerne la question de l’abiogenèse, parce que celle-ci ne stipule pas que la vie ait du passer par une formation spontané de protéines complexes par hasard. Ou que cela concerne l’évolution dont les mécanismes, duplications et divergences ainsi que d’autres expliquent bien l’apparition de nouvelles protéines et de nouvelles fonctions. Il existe des discussions sur les modalités et processus menant à de nouvelles enzymes et la fréquence et modalités des processus en question mais pas d’une démonstration d’une impossibilité sur le plan statistique. Hormis bien évidemment ces deux choses, je ne vois toujours pas où Michael Denton veut en venir, par exemple a-t-il un mécanisme alternatif en tête à proposer? En fait les divergences sur les liens de parentés entre les espèces concerne les reconstructions phylogénétique faites à partir de l’anatomie comparée et de la génétique. Les modalités d’évolution peuvent rendre compliqué la reconstruction de certains liens de parentés, mais ce n’est pas une remise en question de l’évolution puisque ces difficultés sont liés aux modalités même des processus évolutifs. Sincèrement je ne vois pas en quoi l’antériorité du paradigme est un problème.

En fait il faut voir ce qu'on entends par «fossile vivant» car ce terme est à juste titre critiqué par les spécialistes pour de très bonnes raisons (voir texte en annexe ci-dessous). En général par «fossile vivant» on entend soit un clade dont les espèces étaient jadis abondantes (voir même dans le cas des Cœlacanthes que l'on pensait disparu) mais qui n'est aujourd'hui représenté que par quelques espèces. Mais certaines personnes vont même jusqu'à appliquer le terme de «fossile vivant» à des clades toujours abondamment représenté mais donc la morphologie générale a peu changer au fil des centaines de millions d'années. Toujours est-il que dans le cas de cette nouvelle espèce d'anguille nommée Protoanguilla palau l'enseignement évolutif tiré est relatif à sa position phylogénétique dans le clade des des d'Anguilliformes. En effet Protoanguilla palau serait représentant d'un taxon basale (voir diagramme n°1 ci-dessous) d'Anguilliformes, taxon basal inconnu jusque là inconnu dans le registre fossile même si certains ont pu soupçonner son existence passé (voir diagramme n°2 ci-dessous). C'est en raison de son positionnement basal que certains lui accolé son sobriquet pour le moins regrettable de «fossile vivant». Diagramme n°1 Un taxon basal désigne l'embranchement d'un clade qui est apparu antérieurement aux autres embranchement du clade en question. Par exemple voici ci-dessus le clade des Cetartiodactyla. On remarque que la branche la plus basal de ce vaste clade est celle comprenant notamment aujourd'hui les chameaux. Cela veux dire que toutes les autres branches de ce clades qui sont illustré ci-dessus sont phylogénétiquement plus proches entre elle qu'avec la chameaux. Ainsi en matière d'apparentement un cerf est plus apparenté à une baleine qu'à un dromadaire. Diagramme n°2 Notez l'embranchement des Anguilliformes en I. Puis notez la position phylogénétique de l'espèce nommé Protoanguilla palau comme on le voit alle appartient à la branche la plus basale du clade des Anguilliformes tout comme l'est celle du chameau pour le clade des Cetartiodactyla. En fait la découverte de Protoanguilla palau c'est un peu comme si nous n'avions jamais retrouvé de fossile d'Archaeoptéryx et ignorerions l'existence de dinosaures non-aviens à plumes dans le registre fossile, mais qu'un jour un explorateur de la forêt amazonienne ou autre, tombais sur une espèce de dinosaures à plumes non-aviens, inconnu jusqu'ici mais qui aurait donc survécut jusqu'à nos jours. Cette espèce n'aurait pas été considéré comme l'ancêtre des oiseaux actuelles même si on l'aurait probablement appelé à tort «fossile vivant» mais donc elle représenterait un taxon basale dont on ignorait l'existence avant aujourd'hui. L'sutre exemple déjà mentionné est celui des Cœlacanthes, mais contrairement à l'embranchement de Protoanguilla palau, l'embranchement des Cœlacanthes étaient connu dans le registre fossile, la surprise ayant été de constaté que cet embranchement avait survécut jusqu'à aujourd'hui. En fait son ADN devrait simplement nous indiquer que toutes les autres espèces d'Anguilliformes sont plus apparenté entre elles qu'elle ne sont avec Protoanguilla palau. Annexe: Extrait de l'ouvrage «Guide Critique De L'Évolution» La notion de « fossile vivant » La notion de fossile vivant n’est pas définie : il s’agit plus d’une figure de style médiatique que d’un concept scientifique. Le terme, extrêmement imprécis, est employé dans des contextes très différents : Les polyptères, le sphénodon, le ginkgo, le nautile seraient des fossiles vivants parce qu’ils appartiennent à des groupes jadis très représentés, dont ils ne constitueraient plus que des « reliques » de la biodiversité. Il s’agit là de souligner un grand différentiel numérique entre l’unique ou les quelques espèces subsistantes et le foisonnement passé du groupe. Le coelacanthe (Latimeria chalumnae, figure 1), l’un des deux actinistiens actuels, entre dans le cas de figure précédent, mais la formule lui a été appliquée pour ainsi dire « par excellence » parce que l’on croyait les actinistiens totalement disparus depuis la fin du Crétacé lorsque l’on pêcha pour la première fois, en 1938, un coelacanthe vivant. Il s’agit là de souligner une lacune temporelle. Figure 1. Le coelacanthe Latimeria chalumnae. On le qualifie souvent de « fossile vivant » à la fois parce qu’il est le dernier représentant d’un groupe autrefois très représenté (jusqu’en 1938, on le croyait même éteint) et parce que sa morphologie externe ressemble fortement à celle de formes fossiles. Cette expression est impropre : aucune espèce ne cesse d’évoluer… sauf à partir du moment où elle s’éteint. Ainsi, la morphologie d’une espèce peut rester stable sur des durées extrêmement longues, mais « le reste » continue d’évoluer. Le terme « fossile vivant » renvoie généralement à des cas de stabilité morphologique à travers le temps: –Certaines espèces sont qualifiées de « fossiles vivants » parce qu’elles appartiennent à des groupes dits «panchroniques» (les blattes, ou les lamproies par exemple, présents à la surface du globe depuis le Carbonifère, ou bien encore les artémies, les cycas), c’est-à-dire des groupes définis par des attributs typiques qui ont traversé le temps sans altération (qu’ils soient aujourd’hui représentés par de nombreuses espèces ou non). Cependant, cette notion de panchronisme est relative et ne signifie rien à l’échelle de l’espèce. En effet, bien que les attributs morphologiques typiques des blattes soient stabilisés depuis le Carbonifère, divers autres détails anatomiques (comme, par exemple, l’appareil reproducteur) montrent qu’il n’est pas une seule espèce de blatte dont l’existence soit continue depuis le Carbonifère. Il ne reste même pas aujourd’hui une famille datant du Carbonifère! Les organismes évoluent en mosaïque: ce simple fait devrait fortement la notion même de «groupe panchronique». –Une espèce pourra être qualifiée de «fossile vivant» parce qu’elle ressemble à s’y méprendre à une forme fossile. C’est le cas du coelacanthe, encore lui. C’est également celui des limules ou bien du mollusque monoplacophore Neopilina – qui ressemble comme deux gouttes d’eau à son cousin du Silurien Pilina – ou, mieux, des dipneustes du genre actuel Protopterus, genre connu dans le Crétacé supérieur (80 Ma). Le terme «fossile vivant » laisse entendre alors que l’espèce fossilisée se serait arrêtée d’évoluer, qu’elle serait restée comme figée. Or rien ne permet de dire que tel protoptère fossile est de la même espèce que l’un des protoptères actuels. Moins de 5 % du génome contrôle la morphologie, laquelle peut rester stable sur des millions d’années (selon des degrés qui font toute la discussion…), tandis que le reste du génome, lui, continue d’évoluer. Sans parler du fait que la stabilité morphologique ne préjuge pas d’importants changements physiologiques : ainsi, tandis que nos coelacanthes actuels sont marins, de nombreux actinistiens fossiles vivaient en eau douce ! Le terme «fossile vivant » est également associé à la notion erronée d’espèce « primitive» (voir section 7 de ce chapitre). Cela est vrai pour l’ornithorynque, qualifié de fossile vivant bien qu’aucune espèce fossile ancienne ne présente sa forme. Enfin, des espèces sont des « fossiles vivants » en vertu de fantasmes de vie primitive qu’elles suscitent, sans aucun autre fondement (aye-aye, tortue éléphantine, varan de Komodo, scorpions, etc.)... Le Guide Critique De l'Évolution

Dans le cas du chromosome Y on peut certes invoquer des mécanismes particuliers pour expliquer cette évolution bien plus rapides. Cependant comme nous l'avons vu il y a bien des séquences qui évoluent plus vites que d'autres et cela même si on les prend une à une. Sorry si mes méthodes d'approches ne sont pas toujours très claires mais sinon pas de soucis, se tromper ça arrive à tout le monde. Je ne vois toujours pas où Michael Denton met concrètement le doigt sur une crise majeure dans la Théorie de l'Évolution. Je ne vois pas où se situe le problème majeur de Michael Denton, par exemple tu mentionnes ici la paléontologie où se situe le problème de la Théorie de l'évolution en ce qui concerne la paléontologie? Le registre fossile n'est certes pas complet et il y a également la Théorie dit des équilibres ponctués de Stephen Jay Gould et Niles Eldredge, pourtant même là il ne s'agit pas d'une refonte totale de la théorie de l'évolution et des mécanismes explicatifs ayant cours dans les grandes lignes quoi qu'en aient dit certains. Par exemple peux-tu nous expliquer dans les grandes lignées en ajoutant quelques détails si nécessaires, ce que Michael Denton nous as dit de Archaeoptéryx? Et en quoi ce fossile comme bien d'autres poserait problème et/ou ne serait pas un élément de preuve probant? Ou en quoi celui-ci demeure problématique pour la Théorie de l'Évolution? No problemo, excuses acceptées et j'aoute qu'il n'y rien de grave et donc pas de raison d'avoir honte, les erreurs ça arrive à tout le monde, à toi, à moi et à tous les autres. Du moment que les malentendus sont dissipés et qu'on a mis le doigts sur ces erreurs alors on s'en sort grandit comme on dit.

J’avoue être surpris du caractère condescendant et ce qui semble être une «insulte» à mon intelligence dans tes présents propos. Premièrement les propos cités sur les séquences de différentes protéines, stipulent simplement qu’aucune séquence n’est l’ancêtre ou le descendant d’une autre, ce qui en soit n’est pas une suprise sachant que l’on parle de différentes séquences qui sont contemporaines les unes des autres. De la même manière l’homme n’est pas le descendant du chimpanzé. À moins que les séquences soient apparues indépendamment les unes des autres mais là encore cela ne validerait pas l'idée que toutes les séquences d'ADN évoluent aux même rythme. Les travaux de Carl Woese sont très intéressants car aillant mis en avant le domaine des Archées mais il ne s’agit donc pas de la démonstration d’un rythme évolutif fixe pour toutes les séquences d’ADN existantes. À ce titre je reviens sur un exemple très illustratif, celui d’une séquence génétique codant une protéine nommé «αA Cristalline» qui a été étudié chez différentes espèces de rongeurs. La protéine «αA Cristalline». En effet une équipe de chercheur à étudié la séquence d’ADN codant cette protéine chez différentes rongeurs dont une espèce de Castor, le Goundi de l'Atlas , l’Écureuil roux, une espèce de Rat, une autre souris, un Hamster, et comme nous le verrons le plus intéressant à savoir le Rat taupe (Spalax ehrenbergi). Parmi ces espèces il y en a une qui est aveugle et c’est bien évidemment le Rat Taupe nommé Spalax ehrenbergi. Photo de Rat Taupe Or chose intéressante la protéine «αA Cristalline» est, comme certains on peut le deviner via son nom, impliqué dans la vue. C’est à partir de là que l’on peut faire une intéressante hypothèse. Sachant que cette protéine accomplit une fonction cruciale dans la vision des animaux il est possible ou tout du moins probable que le gène codant la protéine «αA Cristalline» soit «conservée» c’est-à-dire soumises à de nombreux «balayages sélectifs» éliminant la plupart des mutations et donc que cette séquence évolue relativement lentement au fil du temps. Cependant cela ne serait vrai que si la protéine en question doit être «conservée» en vue de son rôle crucial dans la vision. Car chez le Rat Taupe, animal aveugle, cette protéine n’a plus ce rôle prépondérant. Et donc contrairement aux autres rongeurs le gène codant la protéine «αA Cristalline» a probablement accumulé d’avantage de mutations et donc évolué plus rapidement que chez les autres rongeurs ayant encore une vision normale. Ainsi c’est dans cette optique qu’une équipe de chercheur a étudié la séquence du gène codant la protéine «αA Cristalline» chez différentes espèces de rongeurs à vision efficiente avec celle du Rat Taupe. Et les résultats de l’étude sont édifiants comme l’a retranscrit Stephen Jay Gould. «La protéine codée par le gène en question chez Spalax, par exemple, a subit le remplacement de neuf acides aminés (sur 173 changements possibles) par rapport à l’état ancestral de la protéine dans ce groupe (il sa’git de la famille des muridés comprenant les rats, les souris, le hamster et la gerbille) présentent des séquences identiques, n’ayant subi absolument aucune changement par apport à l’état ancestral. On a établi que, dans l’ensemble des vertébrés, le rythme moyen de changement dans l’αA cristalline est d’environ 3 remplacements d’acides aminés par 100 positions par 100 millions d’années. Spalax est en train de changer à un rythme plus de quatre fois supérieur, soit environ 13% pour cent millions d’années. (Neuf changements sur 173 positions représentent 5,2%; mais la lignée de Spalax n'a que 40 millions d'années et 5,2% en quarante millions d’années correspond à 13% en 100 millions d’années.) En outre, Spalax a changé quatre acides aminés au niveau de positions qui sont absolument invariables chez tous les autres vertébrés étudiés - lesquels représentent soixante-douze espèces, allant du requin appelé «roussette» jusqu’à l’espèce humaine.» Stephen Jay Gould, Comme les huit doigts de la main, Édition du Seuil 1996 Référence: Wiljan Hendriks et al (1987), The lens protein aA-crystallin of the blind mole rat, Spalax ehrenbergi: Evolutionary change and functional constraints, Proceedings of the National Academy of Sciences Ainsi la même séquence peut évoluer un rythme différents dans différentes lignée. La séquence codant la protéine «αA Cristalline» ayant évolué plus rapidement chez Spalax ehrenbergi que chez d’autres lignées de rongeurs et plus vite que chez bien d’autres lignées encore. Cela réfutant l’assertion selon laquelles toutes les séquences d’ADN évoluent à la même vitesse! D’ailleurs toute personne ayant suivit un cours de génétique des populations sait que certaines séquences d’ADN accumulent d’avantage de mutations que d’autres au fil du temps. C’est un fait mis en avant depuis plusieurs décennies déjà. Bref Frelser avant de reprocher à autrui ce dont toi seul fait preuve ici, à savoir de condescendance transpirant un mépris et une suffisance n’ayant d’égale que l’absence totale de maîtrise du sujet, tu devrais te demander si le livre de Michael Denton est une source fiable! Car il est quand même surprenant (doux euphémisme) de voir un gus dans ton genre se poser en donneur de leçons en matière de génétique et de biologie de l’évolution tout en débitant de pareilles énormités au point d’ignorer que justement toutes les séquences d’ADN n’évoluent pas au même rythme! D’ailleurs niveau ignorance tu en remets même une double couche en gras et en rouge comme en témoignent tes propos suivants! Une question simple, le chromosome Y il est constitué de quoi selon-toi? Je te le donne dans le mille de séquences d’ADN comme n’importe quel chromosome, chaque séquence d’ADN de notre génome appartenant elle-même à un chromosome. C’est pourtant une évidence n’est-il pas? Et la rapidité de l’évolution du chromosome Y par apport aux autres chromosomes c’est justement la plus grande rapidité de l’évolution des séquences d’ADN de notre chromosome Y par apport aux séquences d’ADN des autres chromosomes! Les séquences de notre chromosome Y sont davantage dissemblables de celle du chimpanzé sur ce même chromosome que ce que l’on observe pour l’écrasante majorité des séquences des autres chromosomes. Certes tu pourrais affirmer qu’il ne s’agit que d’une exception du qui plus est à des réarrangements particuliers ayant eu lieu sur le chromosome Y cependant plus largement l’évolution plus rapides de certaines séquences d’ADN par apport à d’autres est connu depuis longtemps et par d’autres voies et/Ou raison que ce que l’on observe sur notre chromosome Y. Ainsi par exemple les pseudogènes généralement moins fonctionnels que les gènes, voir même pas fonctionnels du tout, accumulent pour la plupart d’avantage de mutations que les gènes aux fonctions importantes. Takashi Miyata AND Hidenori Hayashida (1981), Extraordinarily high evolutionary rate of pseudogenes: Evidence for the presence of selective pressure against changes between synonymous codons, Proceedings of the National Academy of Sciences Conclusion: 1. Certaines parties du génome évoluent plus vite que d’autres. 2. Mieux encore nous avons même vue qu’une même séquence peut évoluer à des vitesses très différentes chez différentes lignées. Bref je t’ai amené ici différents démonstrations références à l’appuie que toutes les séquences d’ADN n’évoluent pas au même rythme. J’imagine à présent que tu vas en tenir compte comme il se doit et cesser d’accuser les autres d’une condescendance et d’un manque de maîtrise du sujet donc seul toi à fait preuve ici! Par ailleurs je ne peux que t’inviter à trouver d’autres sources que Michael Denton qui est décidément une source bien boiteuse au vue des énormités que celui-ci semble t’avoir inspiré. En espérant que tu prendras notes de ces conseils comme il se doit. Il a en effet été adopté car permettant une pertinence plus grande en terme de «liens de parenté». Mais donc le cladisme ne soutient bien évidemment pas que toutes les séquences d’ADN évoluent à la même vitesse et ce chez les diverses espèces. D’ailleurs comme mentionné précédemment ce n’est effectivement pas le cas. Aller salut! C’est gentil de venir me complimenter ainsi mon petit Kyrillukounet d’amour. J’espère que tu suivras la prochaine réponse de Frelser maintenant que j’ai expliqué un plus en détails références à l’appuie que toutes les séquences d’ADN n’évoluent pas au même rythme comme celui semblaient le croire. Et sinon je continue d’espérer qu’un jour tu vienne à nouveau défendre la thèse selon laquelle Archaeoptéryx ne serait qu’un oiseau et que la théorie de l’origine dinosaurienne des oiseaux n’est pas avéré. :) Tient voici un cadeau qui pourrait t’amuser! An icon knocked from its perch Mais attention un conseil amical ne t’arrête pas au titre du présent article. Il est d'ailleurs amusant de t'avoir vu fuir le topic que tu avais pourtant toi-même ouvert, j'imagine que tu vas dire que tu l'as fuis non pas parce que j'avais des arguments solides réfutant les tiens (tes arguments étaient d'ailleurs basés sur de magnifiques contradictions). Tu préféreras là encore affirmer très gratuitement que je noyais le poisson! :D

Ah bon pourtant l'approche cladiste fut proposé dans les années 1950 par l'entomologiste allemand Willi Hennig. Mieux encore dans un de ses livres Stephen Jay Gould revient sur une exposition cladiste au Musée d'Histoire Naturelle de Londres en 1980 déjà. D'ailleurs l'approche cladiste avait déjà fait son chemin, donc dire que Denton l'a précédé de plusieurs décennies c'est très contestable c'est le moins que l'on puisse dire! D'autre part parce qu'on avait pas encore étudié d'importantes partie du génome de nombreuses espèces dans les années 1980. À chaque séquence du génome étudié? Non car même Michael Denton lui-même parle de séquences particulières et non pas de l'ensemble du génome. Et au risque de la répété comme cela a été récemment illustré avec l'exemple du chromosome Y la régularité des changement génétique accumulées n'est pas valable pour l'ensemble du génome. En effet les sites soumis à sélection n'évoluent pas au même rythme que celle qui le le sont peu ou moins. Ah et pourquoi elle agirait à vitesse différentes sur certaines séquences non-soumises à sélection chez différentes espèces? Comme déjà dit si certaines séquences évoluent à des vitesses différentes c'est parce qu'elle peuvent être soumises à des balayages sélectifs en plus de l'évolution neutre (et l'évolution neutre peut aussi inversement être imité sur pareilles séquences). À ce titre je le répètes le chromosome Y a évolué beaucoup plus vite depuis notre dernier ancêtre commun avec le chimpanzé que le reste du génome. Bref toutes les séquences n'ont pas autant changé au fil des millions d'années. En fait la stabilité constaté dans le taux d'évolution neutre ne concerne que certaines séquences et c'est à partir de ces séquences que l'on estime donc avoir peu ou pas de fonctionnalité (donc peu ou pas soumis aux balayages sélectifs) que l'on cherche à déterminer des «horloges» et que l'on calcule des «distances génétique». D'ailleurs les distances génétiques ne sont pas les mêmes en fonction des séquences d'ADN sélectionné pour les mesurer, normal puisque comme déjà vu toutes les séquences du génome ne change pas aux même rythme avec le temps. Pour Michale Denton il y problème avec cette stabilité de l'évolution neutre pour certaines séquences d'ADN, à ce titre il évoque la question du taux de génération mais comme déjà dit ce n'est guère là un argument convaincant. Donc concrètement quel est l'argument que Michael Denton propose, preuves à l'appuie, pour dire que la régularité de l'évolution neutre pour certaines séquences est un problème insolubles? Et quels mécanismes alternatifs ou autres propose-t-il? En fait il faut voir à partir de quelles séquences sont calculé les distances génétiques (car encore une fois toutes les séquences n'évoluent pas au même rythme en fait ici on parle de séquences particulière peu ou pas soumises aux balayages sélectifs). Car parfois on calcules les distances génétiques qu'à partir d'un nombre limité d'allèles, donc pour une part limité du génome. Comme l'a fait par le généticien Luigi Luca Cavalli-Sforza où calculait les distance génétiques des populations humaine à partir d'une collection limité de 120 allèles me semble-t-il. Non uno rappelle simplement que certaines séquences (pas toutes) semble évoluer à rythme constant sur le long terme (ce qui n'exclue pas quelques menues fluctuation ici ou là). Mais donc encore une fois ce n'est pas vrai pour toutes les séquences du génome. Et uno attend également des démonstration claires de Denton d'un problème insoluble. Denton ayant évoqué le temps de génération, mais celui-ci ne tient pas, donc qu'a-t-il d'autre? Et surtout qu'est-ce que Denton propose concrètement comme mécanisme explicatifs en la matière?

Il est nécessaire de préciser plusieurs choses. Premièrement toutes les séquences génétiques n’évoluent pas au même rythme. Par exemple depuis le dernier ancêtre commun que nous partageons avec le chimpanzé, le chromosome Y a évolué beaucoup plus vite que le reste du génome. Si bien que lorsque l’on compare les chormosomes Y de l’homme et du chimpanzé on trouve bien plus de divergence que sur le reste du génome de l’homme et du chimpanzé (Voir l’étude en question en cliquant ici). Cela s’explique parce que certaines séquences du génome des multiples organismes sont d’avantage soumises à la sélection naturelle que d’autres. En fait la stabilité dans le rythme de l’évolution moléculaire concerne essentiellement des sections du génome soumis à peu ou pas de sélections. C’est même sur ces sites que l’on cherche à déterminer des «horloges moléculaires» dont a estimé la date ou vivait le dernier ancêtre commun d’un organisme donné. Mais donc pas vrai pour toutes les séquences génétiques étudiées. La question est donc le rythme apparemment stable de l’évolution moléculaire pour certaines séquences d’ADN, donc le rythme de l’évolution neutre (celle-ci ne pouvant avoir lieu que sur certaines séquences d’ADN et non pas toutes pour les raisons invoquées ci-dessus). À ce titre le taux de mutation à son importance, mais les modalités de la fixation des allèles par évolution neutre sur le long terme également. Michael Denton semblait voir un problème dans cette stabilité de l’évolution neutre chez des lignée où le temps de génération étaient parfois passablement différents car il pensait que les organismes au temps de génération très court devrait avoir un rythme d’évolution neutre beaucoup plus rapide, or comme on l’a vu ce n’est pas le cas pour des raisons déjà invoquées précédemment. Alors concrètement où est le problème dans le fait que l’évolution neutre se fasse à un rythme similaire dans différentes lignées? Pourquoi d’ailleurs ne devrait-ce pas être le cas? À cause des taux de mutations différents d’une lignée à l’autre? Oui peut-être, mais donc je dis bien peut-être sachant d’une part que les taux de mutations estimées sont souvent sujets à caution et d’autre part que les taux de mutations ne sont pas les seuls à entrer en compte dans la fixation des allèles par évolution neutre sur le long terme. Et donc il n’y a pas de raison de penser qu’il existerait un problème insoluble dans la régularité de l’évolution neutre. La seule chose que l’on peut dire c’est que l’on ne serait pas parvenue à modéliser de manière détaillé comment se déroulerait cette évolution neutre sur le long terme en prenant en compte l’ensemble des mécanismes moléculaires et populationnels entrant en compte dans cette dernière. Il y a sans aucun doute du travail de ce côté-là mais donc pas de raison pour affirmer qu’il aurait une crise en biologie de l’évolution ou en génétique des populations sauf si l’on a des «a priori» mais encore faut-il que ces derniers se basent sur quelque chose de concret. Je ne me souviens pas avoir mentionné l’épissage ici mais enfin bon passons. Sinon encore une fois toutes les séquences d’ADN n’évoluent pas au même rythme et n’accumulent pas le même taux de mutations, on le remarque en comparant les séquences de différents taxons. En fait là où il y a stabilité dans le taux de mutations accumulé c’est avec certaines séquences d’ADN, celles justement qui sont peu ou pas soumises à sélection car peu ou pas fonctionnelles. C’est généralement sur la base de ces séquences que l’on tente d’établir des «horloges moléculaires». Ce petit rappel répétitif étant fait je pourrais également me répéter sur la question de la régularité de l’évolution neutre sur ces séquences en question. Régularité qui a plusieurs explications potentielles, notamment celle relative au taux de mutations réel et sur les modalités de fixation des allèles par évolution neutre sur le long terme (où les goulots d’étranglement ont probablement leur importance. Je n’ai aucun problème à affirmer que ces derniers points ne sont pas parfaitement connus et devront continuer à étudier pour modéliser de manière exhaustive la stabilité du rythme de l’évolution neutre sur le long terme. Mais donc je ne vois pas en quoi il existerait d’avance un «problème majeur» pour la théorie de l’évolution et la génétique des populations. Il existe des points é préciser à étudier et donc à mieux comprendre, certainement mais parler de crise est ici hors propos sachant qu’il n’y a pas réfutation des principaux principes évolutifs et génétiques connus, principes se basant aussi bien sur l’analyse du génome de différentes espèces que sur une observation des mécanismes ayant cours en génétique en général et en génétique des populations en particulier. J’adore quand il y a des brèches mais encore faut-il savoir ce qu’on entend par «brèches», car personnellement je ne considère pas chaque inconnu (ce dont il est question ici à savoir le fait que l’on ne connait pas parfaitement les modalités d’évolution neutre sur le long terme) comme étant une brèche. En revanche comme «brèche» réelle de la théorie de l’évolution je verrais bien un truc du genre un fossile de lapin datant du précambrien comme l’avait illustré je ne sais plus quel scientifique. Car là on aurait clairement un paradoxe temporel bien trop important pour que le modèle classique de l’histoire du vivant ne puisse pas être totalement remise en question et non pas simplement légèrement ajusté. Mais avec la question de la stabilité de l’évolution neutre on est loin d’avoir une pareille «brèche» c’est le moins que l’on puisse dire! Euh non, je ne vois pas où tu as lu pareille chose de ma part! Il faudrait également que préciser ce que l’on entend par «processus de régulation génétique» parce que la régularité du rythme de l’évolution neutre pourrait très bien être un «artefact» des processus connues sur le long terme. Mais soit pour en être sûr il faudrait encore vérifier via des études plus poussé. Mais donc encore une fois concernant l’existence d’un éventuel «processus de régulation génétique» il faudrait (1) le définir de manière passablement clair (2) puis à terme parvenir à le démontrer ou éventuellement à l’infirmer. Là encore il faut préciser plusieurs choses. Tout d’abord préciser ce que tu entends exactement par «niveau taxonomique intermédiaire». Car vois-tu phylogénétiquement un amphibien n’est pas censé être génétiquement plus proche d’une lamproie que d’un mammifère. À ce titre souviens-toi du diagramme phylogénétique que je t’avais déjà présenté. Il est tout à fait normal qu’un ambphibien génétiquement plus proche d’un mammifère que d’une lamproie et pour cause les amphibiens comme les mammifères appartiennent au clade des Tétrapodes ce qui n’est pas le cas de la Lamproie. Encore une fois je t’invite, sans condescendance aucune, à te renseigner un peu plus en détail en matière de cladistique et de phylogénie. Car tu sembles hélas encore percevoir l’évolution comme étant pour le moins «gradiste» vision aujourd’hui dépassée. Ainsi rien d’anormal à ce que les amphibiens soient génétiquement plus proches des mammifères que des lamproies, au contraire si la grenouille était génétiquement plus proche de la lamproie que des mammifères c’est là qu’il y aurait eu un problème évolutivement parlant. Non la question c’est de savoir pourquoi différentes lignées (par exemples les lignées animales) accumulent des mutations à rythme régulier sur certaines parties du génome par évolution neutre. Par exemple pourquoi sur ces séquences la lignée des amphibiens a un peu près accumulé (toute proportion de la taille du génome gardé) le même nombre de mutation sur ces régions du génome du cheval depuis leur dernier ancêtre commun. On peut se poser la question sur les modalités de l’évolution neutre et donc de la fixation de mutations neutres sur le long terme. Mais donc ce constat de régularité du rythme de l’évolution neutre dans différentes lignées n’est pas en soi un problème c’est un constat qui mérite d’être creuser d’avantage mais sans qu’on ait à avoir un a priori négatif vis-à-vis de ce dernier. Car de la même manière l’on pourrait retourner la question et se demander pourquoi l’évolution neutre devraient forcément se dérouler à un rythme passablement différent sur le long terme au sein des différentes lignées animales ou autres. Michael Denton pensent que pareil évolution neutre devrait forcément se déroulé à un rythme très différents en raison des différences de la durée des générations d’une lignée à l’autre. Or nous avons déjà vu pourquoi ce n’est pas forcément le cas. Et donc cela signifie qu’à moins d’avoir mis le doigt sur une réelle imposité de la régularité de l’évolution neutre sur certaines parties du génome d’une lignée à l’autre il n’y a pas de raison de penser que cela est un problème. Tout au plus il faut trouver un moyen de modéliser et d’expliquer en détail les raisons de cette régularité (pas totalement parfaite non-plus) de manière que celle-ci soit expliquer de manière suffisamment détaillée. Ensuite si par hasard on mettait le doigt sur quelque chose qui ne tient vraiment pas la route là on se rapprochera un peu de ce qu’on pourrait appeler une «crise». À ce titre cela me rappelle l’affaire de l’homologie des doigts des oiseaux modernes avec ceux des dinosaures théropodes disparus. Les données paléontologiques nous indiquent que les trois doigts des membres antérieurs dinosaures théropodes maniraptoriens sont les doigts 1, 2 et 3. Or donc les doigts partiellement fusionnés qui forment les ailes des oiseaux sont naturellement également sensé être les doigts 1, 2 et 3. Cependant les embryologistes remarquèrent que les trois doigts partiellement fusionnée des oiseaux se développaient selon les positions des doigts 2, 3 et 4, donc que les doigts des oiseaux seraient en fait les doigts 2, 3 et 4. Cette constatation embryologique mettant à mal l’homologie des doigts des oiseaux avec ceux des dinosaures théropodes. Ce fut un argument majeur pour certains spécialistes qui critiquaient la parenté dinosaures-oiseaux. En cela on pourrait dire que la phylogénie traditonnelle faisant des oiseaux un taxon de dinosaures-théropodes était en crise en raison de cette réfutation embryologique. Car là contrairement à Michael Denton qui avait amener un «argument» peu probant avec le temps de génération les embryologistes avait un argument solide basé sur le développement embryologique des doigts des oiseaux, s’opposant à l’homologie dinosaurienne des doigts des oiseaux en question. Pourtant cette «crise» pris fin lorsque des minutieuses sur les gènes Hox impliqués dans le développement des doigts des oiseaux furent effectuées. Ces études montrant que les apparentes contradictions issue de l’observation du développement des doigts des oiseaux sont susceptibles de s’expliquer par des «transformations homéotiques» ou autres «réarrangements» car les gènes impliqué dans le développement des doigts des oiseaux sont les même que ceux impliqué dans le développement des doigts 1, 2 et 3 chez les autres vertébrés, le tout réconcilient l’homologie exsitant entre les doigts des membres antérieurs des dinosaures théropodes maniraptoriens et les doigts partiellement fusionnés des oiseaux. Tout cela pour que tu comprennes pourquoi il faut être extrêmement prudent et amener du solide avant de parler de «crise» d’une théorie ou d’un paradigme scientifiques, chose que ne semble hélas pas faire Michael Denton. Aller salut!

Tu n’as toujours pas compris que le présent topic n’était pas dédié à tes analogies délirantes? Ben non mon gros car les enzymes sont également sujettes à l’évolution, il y même de nombreuses études scientifiques consacré à l’évolution des enzymes. Pas la peine de me remercier pour l’information. Plus sérieusement, je m'en fouts royalement... Ah ravi que tu admettes que tu te fous royalement de la thématique du présent topic où tu viens uniquement pour «y régler des comptes» et défendre tes analogies neuneues qui n’ont pas lieu d’être ici. Mais donc encore une fois ce n’est pas le lieu pour venir jouer à l’hystérique délires à l’appui, bref cesse donc de polluer ce topic. Bon sang il faut vraiment que tu trouves un moyen pour mettre ton «sentiment de persécution» en veilleuse. Car franchement voir dans le présent topic une attaque, un plantage de couteau dans le dos où une tentative de ridiculiser ta personne, faut vraiment le faire….. Rebelote! Non sérieusement trouve-toi un calmant et va vomir ailleurs car là tu es visiblement dans une prise de tête délirante où tu t’excites pour rien. Tu vois des attaques personnelles contre ta personne qui n’existe pas pour ensuite venir «te faire justice» à coup de propos trollesques et HS. Reviens ici quand tu seras calmé et prêt à discuter de la problématique dont il est question ici!

1. Je n'ai jamais dit que cela ne méritait pas d'explication scientifique. 2. J'ai même amené quelque citations de spécialistes proposant des explications scientifiques, notamment quand à l'idée fausse que le rythme d'évolution pourrait être mis en lien simplement par le temps de génération. Serait-il possible que tu relises mes précédents posts comme il se doit avant de répondre de manière à ce qu'on pourrait croire que tu fait exprès d'ignorer tout ce qui a été dit dans les posts précédents en question? Merci d'avance! Ben oui je ne précise pas qu'elle s'explique pas car si ça se trouve elle s'explique très bien mais on ne l'a peut-être simplement pas encore tout à fait bien cerné! Tu saisis la nuance? D'ailleurs des explications potentielles existent leur problème est la vérifications de ces dernières sur le long terme est bien évidemment difficile à réaliser. Tu t'imagines vraiment qu'en répétant vingt-cinq fois la même fausseté celle-ci va devenir vrai? Encore une fois relis mes précédents posts et tu verras que j'ai jamais affirmer que le ryhtme régulier de l'évolution moléculaire (du moins pour certaines séquences d'ADN pas toutes) ne mérite pas d'explications! Le truc c'est que Michael Denton lui s'égare à hypertrophié le problème et même à y voir une impasse ou du moins une crise pour la théorie de l'évolution et à ce titre il s'égare ainsi à dire par exemple que la durée de génération de certains organismes par apport à d'autres constitue une grave incohérence avec la stabilité du rythme de l'évolution moléculaire or justement comme cela a été expliqué ce n'est pas le cas pour des raisons qui ont déjà été expliqué dans mes posts précédents. Ces égarements de Michael Denton sont donc fallacieux et inutiles sur le plan scientifique. Maintenant j'attends toujours de savoir ce que Michael Denton a à proposer concrètement en matière de mécanismes évolutifs ou autre pour expliquer la biodiversité actuelle.

Non mon cher sucre gorge la question était de savoir si on les classifiait dans un même ensemble ou mieux dit ici un taxon. Qu'ils soient sujets à l'évolution cela était admis par toi et moi dés le départ. On trouve aussi les enzymes du foie..... Plus sérieusement et pour le reformuler autrement l'évolution n'est pas un sac où l'on ranges des objets d'études, ce n'est pas une étiquette d'appartenance mais une résultante observée (résultante observées issue de divers processus) chez des entités organiques qui se reproduisent. Tu comprends? Si oui encore une fois tu va enfin pouvoir passer à autre chose. Apparemment ton but ici est de faire partir le topic en couille à coups d'analogie foireuses et de provocation à deux roupies. En soit ce ne serait pas un problème si au moins c'était pour rester dans le sujet et/ou défendre une position cohérente et argumenté mais ce n'est même pas le cas ici.....Et cela uniquement parce qu'apparemment et pour une obscure raison tu t'es senti attaquée (voir ta prose selon laquelle j'aurais cherché à te ridiculiser). Néanmoins je peux certifier deux choses. 1. Je n'ai jamais dit que les virus, les éléphants, les roses ou les amibes ne sont pas sujet à évolution, jamais et je te met au défi de trouver une seule citation où j'affirmerai une telle chose. 2. Tu n'es ici que pour venir embrouiller le topic de HS constitué d'analogies foireuses (mêlées des questions d'ordre sociologiques à des terminologies scientifiques et processus biologiques). À cela je ne peux que t'inviter d'arrêter de t'enfoncer et de polluer le présent topic en suivant le conseil de Yop! et si possible de t'en tenir au sujet du présent topic en question. Ah ok apparemment tu es le genre de personnes à voir de l'hostilité à ton encontre là où il y en a pas, j'en suis désolé pour toi. En espérant que tu te rendes compte en quoi le premier post qui t'étais adressé à toi dans le présent topic n'était pas là pour te ridiculiser, sinon j'en serais encore d'avantage navré pour toi que je ne le suis déjà poils aux bras!

Ben voyons quels mots je ne maîtriseraient pas? Qu'on rigole un peu! Blague à part j'espère que d'ici à demain au plus tard tu te seras calmer et commencera enfin à amener quelque chose de concret à manger. Qui vivra verra! Michael Denton c'est la littérature scientifique? Soit un peu sérieux il a fallut que je mette moi-même le nez face à un véritable échantillon de littérature scientifique pour que tu comprennes contrairement à tes assertiosn inspiré de Denton ou de je ne sais qui, selon lesquels des question telles que la pléiotropie seraient éludées...... As-tu seulement pris soin de t'intéresser à la littérature scientifiques sur ces diverses question allant de la génétique aux fossiles via notamment des cas particuliers comme l'Archaeoptéryx précédemment cité, où es-tu l'homme d'un seul livre à savoir celui de Michael Denton? Je le demande parce qu'apparemment ici tu zappes les divers rappelles que je t'ai fait pour t'adonner à des attaques ad hominem aussi gratuites que risibles. En fait il y souligne bien plus que cela, apparemment il postule quelque chose qui ressemble à du Teilhard de Chardin où au final il existerait réellement un destin non seulement dansl 'évolution mais plus largement dans l'univers ayant mené à nous sans cependant préciser Je n'ai jamais dit qu'il affirmait que Dieu est intervenu dans la Genèse de l'univers, relis mes posts. Je n'ai même pas associer le mot Dieu à Denton. Apparemment il soutient l'idée d'une évolution directionnelle, quasi-dirigé et il semble poussé plus loin en incluant une notion comme le destin figurant d'ailleurs dans le titre de son ouvrage..... Seulement voilà apparemment il ne propose aucun mécanisme véarifiée et/ou théorie ayant un minimum de substance pour étayer ses vues pour le moins floues. Quelle question? Ce que Michael Denton propose comme théorie scientifique ou mécanisme explicatif? Il faudrait déjà qu'il propos quelque chose de concret pour que l'on ait pas à maîtriser la chose en question! :D Je ne maîtrise pas quoi? Les théories scientifiques de Michael Denton? Si oui lesquels, je t'ai demandé dans mon post précédent de nous les présenter et au lieu de cela tu te confond en propos risibles et mesquins à mon encontre en lieu et place d'amener quelque chose de concret de ta référence. Le plus amusant est que de mon côté j'ai du m'amuser à te faire des rappels en matière de phylogénie où étrangement tu faisais preuves d'étranges lacune malgré ta lecture de l'ouvrage de Michael Denton amusant! Mais donc j'attends toujours, quel théories, hypothèses ou mécanismes (même hypothétiques) Michael Denton propose-t-il pour expliqué la biodiversité actuelle? A ce que je vois c'est trop te demander que t'inviter à nosu présenter à tous ici les théories et/ou mécanismes même hypothétiques que Michael Denton proposerait en matière d'évolution. Tu préfères ignorer tout ce qu'on t'a écrit, rappelé et expliqué et balancer quelques attaques ad hominem plutôt que réellement entrer dans un dialogue argumenté où l'on tient compte de ce que ses interlocuteurs écrivent. Amusant!

Et ce qui arrive quand un spécimen dans ton genre fait semblant d'ignorer qu'on avait déjà discuté de cela dans un autre topic où tu te servait de cette affirmation comique comme anologie pour quelque chose d'entièrement différent. En amenant cet extrait dans ce topic je voulais juste faire une mise au point calme et posée là où ce n'était pas HS, mais apparemment cela semble ta chatouiller amusant..... :) Non là tu sembles confondre la question de la classification avec celle de l'évolution des entités organiques que sont les virus. Considérer l'évolution des virus est différent de question de leur classification phylogénétique par apport aux éléphants. L'évolution des virus est considéré, c'est-à-dire que l'on étudie l'évolution des virus en tant qu'entité organiques se reproduisant (même si c'est toujours via d'autres organismes vivants en admettant qu'on considère un virus comme étant vivant). Donc on étude l'apparition de nouvelles variation et les changements de fréquence de ces variations au sein des populations de virus. On fait de même avec les éléphants ou les amibes. Mais donc l'étude des mécanismes évolutif chez ces différents organismes ce n'est pas la même chose que la classification de ces organismes les uns par apport aux autres! Par exemple il n'y a pas de certitude quand à l'origine des virus et on ignore où le placer exactement par apport à l'éléphant et plus généralement par apport aux autres êtres vivants. Par ailleurs les virus ne sont en tout cas pas classé comme étant un taxon étroitement lié aux éléphants, ce n'est certainement pas le cas au vue des différences fondamentales existant! :D C'est bon as-tu compris la différence entre la question des processus évolutif et celle de la classification des «agents» ou «entités organiques» soumises à l'évolution? Si oui tu devrais, normalement, ne plus avoir de problème avec mes propos que tu avais cité ci-dessus. Tu tiens à tout prix à me faire dire quelque chose que je n'ai jamais prétendu ni même pensé, c'est pour le moins burlesque de ta part arf! Rebelote, tu en est toujours à vouloir que je te sorte un truc que je n'ai jamais soutenu simplement parce que tu confonds la question de l'évolution avec celle de la classification.....

Non je confonds juste l'ouvrage, Michael Denton parlant d'une évolution dirigé dans un livre ultérieur nommé «Nature's Destiny». Nature's Destiny Car apparemment si on en crois tes présents propos Frelser on a réellement l'impression que dans «Évolution: Une Théorie en Crise» Michael Denton n'amène rien de concret comme explication ou même comme simple hypothèse théorique même invérifiable, sensée expliquer ce qui n'irait pas dans la «Théorie de l'évolution». En fait tes présentes retranscriptions de l'ouvrage de Michael Denton sont de loin les meilleurs éléments à charge contre l'ouvrage en question! :D Voir plus haut dans mon présent message. Mais si tu as un passage où Michael Denton propose autre chose en matière d'évolution n'hésite pas car jusqu'ici force est de constaté qu'à part des retranscrire les brassages d'air de ce bonhomme tu n'as retranscrit aucune proposition théorique concrète qui émanerait de ce même bonhomme pour expliquer les anomalies qui mettraient tellement à mal la théorie de l'évolution. Hého c'est toi le disciple de Michael Denton c'est à toi de nous en citer la Science. Mais apparemment celui-ci t'a tellement désinformer que tu as vraiment cru que les questions telle que la pléiotropie étaient éludées! :D Sérieusement jusqu'ici tu nous parles d'un bonhomme sans jamais retranscrire une proposition théorique concrète de ce dernier. Par exemple si ce n'est pas l'évolution dirigé que nous propose ce monsieur en matière d'évolution peux-tu nous dire quelle théorie et quels mécanismes explicatifs ce derniers propose concrètement en matière d'évolution? J'attends ta réponse avec impatience! Ben voyons avec Archaeoptéryx tu as déjà un sacré «élément de réponses» sur les «formes intermédiaires viables» qui ont pu amener à l'apparition des oiseaux modernes. En fait concernant les performances archaïques d'Archaeoptéryx il y a des inconnus mais on remarque rapidement que celui-ci ne disposait pas des adaptation à vol aussi performant que la plupart des oiseaux modernes. Absence de bréchet saillant, articulation de l'épaule très "reptilienne", côtées non-reliés au sternum. De plus en parlant de «formes intermédiaires viables» on a trouver plein depuis. Plusieurs oiseaux archaïques structurellement intermédiaires à Archaeoptéryx et aux oiseaux modernes. D'ailleurs Archaeoptéryx à une anatomie si basale, donc si semblable à celle des dinosaures théropodes non-aviens que beaucoup ne le considère plus aujourd'hui comme un oiseau mais comme un simple dinosaure à plume parmi tant d'autres. Bref tu as plein d'intermédiaires structuraux viables Archaeoptéryx en étant un parmi tant d'autres. Ah et en parlant d'intermédiaires check en vitesse la notion d'exaptation cela pourrait t'être utile.

Pas tous les biochimistes, par exemple Larry Moran est biochimiste et évolutionniste. En cherchant bien on trouve même un paléontologue créationniste nommé Kurt Wise, comme quoi tout arrive! :D Personnellement j'ai déjà une bibliothèque assez fournie pour ne pas l'encombrer d'ouvrages créationnistes dont les thèses et pseudo-arguments sont de toute façon disponibles gratuitement sur les divers sites créationnistes. De même que je préfère par ailleurs me référer si possible directement aux études scientifiques, bonnes ou mauvaises.

Non pas son livre mais j’ai lu ses thèses et «arguments» souvent fidèlement rapporté par ses partisans, y compris donc par les tenants du créationnisme appelé «Dessein Intelligent». Par exemple j’ai encore en tête de l’argumentation de Michael Denton sur l’intermédiaire structurale nommé Archaeoptéryx dont il minimise la portée démonstrative car il aurait déjà des plumes et/ou ailes bien formée (je te laisse vérifier voir même éventuellement retranscrire ce que Michael Denton dit exactement sur ce dernier). Et cela quand bien même Archaeoptéryx à un squelette bien plus similaire à celui d’un dinosaure théropode non-avien et que donc il demeure un parfait exemple en accord avec ce que l’on peut attendre du paradigme évolutif. Mais plus généralement, hormis d’être au courant des thèses de Michael Denton je suis également informé dans une certaine mesure en matière de génétique et de phylogénie et donc de biologie de l’évolution en général. Or Michael Denton n’amène aucune réfutation valide des paradigmes existant en la matière, pire il n’amène rien de concret soutenant des propres vues, notamment celle d’une évolution dirigée. Allons donc, on l’a vu avec la question du rythme de l’évolution moléculaire il n’amène rien de concret qui remette les mécanismes connus en la matière, il affirme qu’il y a un problème qui serait pratiquement insoluble en surfant sur certaines inconnues bref use du sophisme qu’on appelle «argument par l’ignorance». Par ailleurs la théorie de l’évolution est critiqué par les spécialistes depuis longtemps, on n’a pas attendu Michael Denton pour que cela se fasse. La différence étant que l’on parle ici de critiques et de remise en question constructives se basant sur l’expérimentation, la mise en avant de certains mécanismes, la proposition de modèles proposant des mécanismes et/ou processus concrets etc, etc….. C’est le cas de la mise en avant de l’importance de l’endosymbiose dans l’évolution (notamment dans l’apparition des eucaryotes), des transferts horizontaux de gènes, de l’évolution neutre et j’en passe. En comparaison Michael Denton lui n’amène rien à manger. Apparemment lire Michael Denton ne t’a pas aider à comprendre la phylogénie et la cladistique alors je doute que se soit une bonne référence pour comprendre la génétique et la biologie de l’évolution en général. À ce titre plus pas dans ton présent message tu vas jusqu’à dire que «l’on éluderait» des questions telle que pléiotropie, ce qui est totalement faux et ce qui prouve que tu devrais te méfier d’une source comme Michael Denton pour t’intéresser d’avantage à l’état réel des recherches sur ces questions. Premièrement comme l’a dit Grenouille Verte des progrès ont été fait depuis l’époque où Michael Denton à écrit son livre. Deuxièmement chacune des ses théories représentent des modèles explicatifs de l’évolution qui ne sont pas sensé être parfaits ou exclusifs. Par exemple la sélection naturelle n’explique pas toutes les choses observé en matière d’évolution donc elle n’est pas une explication exclusive. Beaucoup de biologiste si ce n’est l’écrasante majorité sont «pluralistes» (c’est le cas par exemple du Biochimiste Larry Moran que j’avais précédemment cité) c’est-à-dire qu’il inclut plusieurs mécanismes entrant en jeu dans l’évolution des populations que cela soit sur le court terme ou le long terme. Et ces divers mécanismes invoqués se basent bien sûr sur des expériences et observations et donc sont réfutables et/ou vérifiables. Non on modifie la théorie elle-même, parfois on dit qu’on la nuance ou qu’on l’enrichit mais peut-importe quel usage verbale on préfère, on confronte le modèle à des observation et on modifie celui-ci où on y inclut d’autres modèles en accord avec les expériences et observations effectuées. Par exemple le modèle de spéciation dit «anagénétique» était le modèle principal de spéciation, or les avancés conjointe en génétique et paléontologie montrent la fréquence importante de spéciation se faisant sur le mode dit de la cladogenèse. Cela ne veut pas dire qu’il n’existe pas de spéciation anagénétique mais qu’on ne peut garder ce premier modèle comme exclusif il existe de nombreux cas où les spéciations se font selon le mode cladogénétique. De plus ces modifications et/ou enrichissement ne remettent pas en question «le squelette théorique» de la théorie de l’évolution à savoir le changement des espèces au fil du temps et l’apparition de nouvelles espèces par l’apparition incessante de nouvelles variations et de leur changement en fréquence par la sélection ou la simple dérive génétique. Pas plus qu’elle remet en question l’ascendance commune des différentes espèces par ailleurs puissamment confirmée par les avancées en matière de génétique. En fait ce que tu dis là est totalement faux et disant cela tu prouves que Michael Denton n’est pas une source recommandable en matière de biologie de l’évolution. Premièrement les fossiles sont pris en compte dans la datation de certains événements évolutifs. C’est le cas par exemple des plus anciennes empreintes de tétrapodes découverts en Pologne (voir cet article de la revue «Nature») et remettant en cause les estimation précédentes pour l’apparition des Tétrapodes . Deuxièmement la question de la pléiotropie est également traité dans les recherches en génétique, ce n’est donc non plus pas là une question exclue par les chercheurs en voici d’ailleurs un exemple. Plus généralement il existe toute une série d’étude sur l’évolvabilité des protéines, des contraintes évolutives existantes et de l’importance respective que peuvent avoir la sélection naturelle et la dérive génétique dans l’évolution des protéines, on peut citer les excellent travaux de Joseph Thornton ou les intéressant travaux théoriques du généticien Michael Lynch. À ce titre les travaux de Michael Lynch et d’autres généticiens sur l’influence des mutations neutres ou même faiblement délétères dans l’apparition de nouvelles protéines et de nouvelles fonctions On parle également d’épistasie) sont passionnantes et contredit complètement les présentes assertions que tu as été pêché chez Michael Denton selon lesquels «on éluderait» ces questions. Bien au contraire on en tient compte. Tient à ce titre concernant la pléiotropie et l’épistasie essaie l’étude suivante. Impact of epistasis and pleiotropy on evolutionary adaptation Et après tu affirmes que l’on élude ces questions allons Frelser il apparait que tu ne t’es jamais renseigner sur l’état des recherches sur ce sujet sinon jamais tu n’affirmerais une pareille énormité! En fait Frelser le seul qui fait preuve de condescendance ici c’est toi et accuser les autres de quelque chose à laquelle seul toi t'adonne c'est, comment dirais-je, l'Hôpital qui se fout de la Charité! Parce que tu as lu Michael Denton et bu les assertions de ce dernier comme du petit lait sans même prendre le soin de te renseigner ailleurs tu t’étonnes ensuite que des personnes qui se sont informé ailleurs n’avalent pas les affirmations de Michael Denton comme tu l’as fait. Et le simple fait qu’on te rappelle le caractère creux voir même carrément faux des thèses de Michael Denton que tu retranscris t’irrite tellement que tu en arrive à voir de la condescendance de ce qui n’est pourtant que de nécessaires rappels.

Dans ce cas je te présentes en toute sincérité mes plus plates excuses. Il faut se méfier des «à priori» car comme déjà vu il y a plusieurs choses susceptibles d'expliquer cette régularité. Par ailleurs n'oublions pas que les taux de mutations estimés notamment les différences estimées d'un taxon à l'autre sont souvent sujettes à caution. Je n'ai pas dit que cela est insignifiant où ais-je d'ailleurs employé le terme «insignifiant» pour décrire la question de la régularité de l'évolution moléculaire? Il est faux de dire que les chercheurs négligent cette question compte tenu des travaux effectués sur les «horloges moléculaires» et les critiques qu'il y a eu au sujet de ces dernières. Les problèmes ici sont les propos de Michael Denton, ce dernier débarquant sur cette question tel un éléphant dans un magasin de porcelaine en prétendant que compte tenu des différents taux de mutations d’un taxon à l’autre il y a un problème insoluble et que cela nécessite donc une «explication» invérifiable et que la Théorie de l’évolution serait véritablement dans une crise majeure! D’ailleurs ne nous y trompons pas en faisant ces raccourcis idiots Michael Denton cherche à valider une vision particulière de l’évolution vue comme étant «dirigée» par on ne sait quoi et sans jamais rien amener à manger pour valider ses thèses le tout en ignorant le caractère non-directionnel et contingent de l’évolution. En réalité si l’on veut comprendre les modalités d’évolution moléculaires sur le long terme, il faut d’abord comprendre comment celle-ci se produit, quelles en sont les mécanismes, qu’est-ce qui fait varier son rythme. Or si des progrès ont déjà été effectué depuis beaucoup de choses restent à découvrir y compris donc sur les taux de mutations et l’accumulation de mutations neutres sur le long terme. Par exemple la régularité de l’évolution moléculaire ne vaut pas pour chaque partie du génome. Cela est vrai pour les partie du génome pouvant accumuler plus ou moins librement des mutations sans que cela n’affecte l’organisme, mais pour certains gènes le nombre de mutations accumulé est limité car celles-ci affectes des fonctions clefs qui peuvent être la plupart du temps létales. Mais donc la question d’une certaines régularité d’accumulation des mutations à travers le temps sur certaines séquences d’ADN, tend d’une part à confirmé l’hypothèse de l’évolution neutre de Motoo Kimura et d’autres part à s’interroger sur l’importance réelle des variations des taux de mutations d’un taxon à l’autre sur le long terme voir même sur la manière dont ont été estimé les taux en question. Et donc si cela amène à se poser ces questions il vaut donc dans tous les cas éviter d’affirmer sans y avoir répondu et avec en plus plusieurs explications potentielles, affirmer que toute la théorie de l’évolution est en crise en affirmant avoir ici un élément de preuve solide en faveur d’une évolution dirigé par on ne sait quoi comme le fait Michael Denton.

Tu ne fais qu'ignorer les trois quart des mes précédents propos. Les goulots d'étranglement ne sont certainement pas la seule explication susceptible d'entrer en compte dans la régularité du taux de mutations accumulées au fil des centaines de millions d'années, mais ceux-ci peuvent constituer un facteur important dans l’évolution moléculaire à long terme. Car il ne faut pas réfléchir qu'en termes de taux de mutations mais aussi en termes de fixation des mutations et de ce qui favorise la fixation de celles-ci au fil du temps. Les goulots d'étranglement ont cela de particuliers qu'ils éliminent massivement bon nombre d'allèles en aboutissant à la fixation d'une poignée de ces derniers. En cela ce qui compte beaucoup est le nombre d'individus passant pareils goulots. Même si le taux de mutations étaient élevé avant que ne se manifeste le goulot au final une grosse partie de la diversité du à ce taux de mutations élevé sera néanmoins perdue et donc diminuera l'impact d'un taux de mutation relativement élevé, par apport à celui du goulot, le goulot favorisant la fixation d'allèles particuliers dont hériteront tous les descendants des survivants. C'est pourquoi l'étude des modalités de spéciations est aussi très intéressante. Notamment celles se produisant par réarrangement du caryotype (fusion ou fission de chromosomes) car impliquant souvent eux aussi des goulots d'étranglements, ces dernier favorisant la fixation d'une fusion ou d'une fission et donc un changement du nombre de chromosomes mais aussi en même temps la perte d'une bonne part de la diversité génétique chez les nouvelles espèces porteuse d'un nouveau caryotype. Or chose intéressante les changements de caryotypes semblent relativement fréquents à l'échelle des temps géologiques. Bref il ne faut vraiment pas sous-estimer l'impact que peuvent avoir les goulots d'étranglement comparativement aux différences de taux de mutations, et on ne peut pas exclure un effet stabilisateur sur le long terme, la fréquence des différentes modalités de spéciations étant encore discutée. Mais soit ce n'est peut-être pas l'explication principale je n'ai d'ailleurs jamais prétendu que les goulots d'étranglement étaient le seul facteur explicatif, souviens-toi que j'avais mentionné d'autres éléments via notamment les propos du biochimiste Larry Moran. Par exemple sur l'argument des taux de mutations distincts et des taux de générations d'autres spécialistes avaient déjà répondu à Michael Denton. Il ya plusieurs facteurs qui affectent les taux de mutation. Ces derniers ne sont pas simplement dépendants nombre de générations». Voyez-vous, soit une espèce se reproduit tous les vingt-cinq ans, par opposition à une espèce se reproduisant toutes les deux heures, vous pourriez penser que celle qui se reproduit les deux espèces heure évolue "plus rapidement" ou qu'elle a un taux plus élevé de mutation. Mais cela est manifestement un malentendu. Pendant les 25 années où l’autre espèce n'est pas de reproduire, les gamètes de cette espèce (ainsi ses cellules germinales) sont néanmoins sujet à des mutations; en effet beaucoup de mutations pourraient s'accumuler dans ses 25 années que représente le temps de génération. Ainsi, on peut dire que non: le taux de mutation n’est pas compris comme étant dépendant du nombre de générations. (Ladomery, 1995) Review of Michael Denton's Evolution: A Theory in Crisis Mais soit Frelser tu peux toujours rétorquer que malgré ce rappel du caractère non-pertinent des propos de Michael Denton selon lesquels il y aurait réellement un problème, nous ne sommes pas encore parfaitement sûrs du «pourquoi» d’une telle régularité de l’évolution moléculaire malgré ces quelques éléments de réponses. Et c’est normal sachant que l’évolution est également une science historique et que l’on peut donc pas observer sur plusieurs centaines de millions d’années. Néanmoins affirmer qu’il y a là un problème majeur qui nécessiterait un mystérieux mécanisme jamais décrit par Michael Denton et qui serait autres que tous ceux qui sont observé et vérifié en génétique des populations, ne semble guère pertinent. Surtout si il existe plusieurs explication potentiellement convaincantes via les mécanismes observé et surtout si le mécanisme alternatif et mystérieux proposé par certains (notamment les tenants du Dessein Intelligent) serai une transcendance qui régulerait le rythme de l’évolution moléculaire par des mécanismes processus jamais observé, jamais décris, invérifiables, irréfutables ou pire encore «surnaturelles». Aussi je veux bien tenir compte des propos de Monsieur Michael Denton, mais encore faut-il qu’il évite certaines erreurs et raccourcis qui n’ont pas lieu d’être. D’ailleurs ce n’est pas le seul exemple d’affirmation boiteuse de la part de ce bonhomme en matière de biologie de l’évolution. Sinon oui tu ne sais pas très bien de quoi tu parles. Tes proses dans le présent topic l'on bien prouvé, le plus flagrant étant lorsque tu avais dit ceci. Dois-je vraiment t'expliquer en quoi ta présente prose semble trahir une vision faussement «gradiste» de l'évolution en ignorant les apports de la cladistique? Dois-je t’expliquer pourquoi la lamproie n’est pas chronologiquement plus proche de la carpe que du lapin? J’imagine qu’à présent tu as compris tout comme tu peux comprendre pourquoi j’ai trouvé tes propos initiaux confus et témoignant d’une certaine méconnaissance du sujet. Il ne faut pas prendre ces rappels qui te sont adressé comme de la condescendance mais au contraire comme de simples rappels, si je m’aventure à discuter astrophysique et fait preuve d’ignorance je ne vais pas me vexer si quelqu’un me dit que je fais preuve d’ignorance ou d’idées fausses sur la thématique abordée.

Dis-moi à qui t’adresses-tu ici ? Où ai-je dis que la carpe et la grenouille serait des intermédiaires ? Nulle-part! Et donc en quoi ce que tu dis ici (et qui à l’air pour le moins confus) change-t-il quelque chose à mon message précédent? Encore une fois ce que tu dis est confus, apparemment tu essaie de retranscrire «l’argumentation» (note bien les guillemets) de Michael Denton mais sans la maîtriser parfaitement. Déjà je me permets une petit mise au point quand à la distance génétique de la drosophile, tortue, cheval et Lamproie. La drosophile étant plus distante que ne le sont les trois taxons de vertébrés (tortue, cheval, lamproie) entre eux et le cheval et la tortue étant génétiquement moins distants entre eux qu’ils ne le sont avec la lamproie. La mise au point étant faite venons-en à ce que tu essaies d’exprimer sans vraiment y arriver. Premièrement prenons les taxons Lamproie, Grenouille et Vache. Tu suis? Si c’est le cas laisse-moi à présent t’exposer de manière claire «l’argumentation» de Michael Denton. En fait «le problème» de Michael Denton que tu essaie de retranscrire tant bien que mal ici, serait qu’après la séparation du dernier ancêtre commun de la grenouille et de la vache, le rythme d’évolution de ces deux lignées devrait être différent. Par exemple si les amphibiens comme les grenouilles ont un rythme de reproduction relativement rapide, les amniotes comme les vaches ont généralement un temps de reproduction plus lent. Aussi ironiquement, ce serait la vache qui auraient accumulé moins de différence depuis son dernier ancêtre commun avec la grenouille et se serait la vache qui devrait être plus proche de la lamproie (et d’une carpe également soit-dit en passant) que ne l’est la grenouille. Michael Denton affirmant d’ailleurs que hormis les temps de génération il existe également des différences dans les taux de mutations, donc le fait qu’après leur séparation depuis leur dernier ancêtre commun, la lignée de la vache et de la grenouille semble avoir accumuler un nombre similaire de mutation n’est pas très normal. Or Frelser comme tu t’en souviens peut-être j’avais posté une réponse du biochimiste Larry Moran dans mon message précédents. Réponse rappelant pourquoi l’argument du temps de génération ne tient pas. Il reste la question du taux de mutations, le truc c’est qu’il n’est le seul à entrer en jeu dans le nombre de mutations se fixant au fil des générations (à ce titre il faut voir quelles sont les structures des populations). À ce titre on peut se demander si les divers goulots d’étranglements que traverses quasiment toutes les lignées d’être vivant n’auraient, pas, par exemple, un effet stabilisateur sur le nombre de mutations retenus sur le long terme. Car une chose amusante au sujet de «l’horloge moléculaire» c’est que justement celle-ci se base sur le rythme apparemment stable d’accumulation des mutations, pourtant beaucoup critiquent justement la fiabilité des horloges moléculaires d’une part à cause de taux de mutations différents mais aussi parce que différents balayages sélectifs et goulots d’étranglement sont susceptibles de brouiller les pistes. Donc que le rythme apparemment stable d’accumulation des mutations ne l’est pas en réalité et que les fourchettes temporelles estimées pour les divergences de certaines lignées sont encore plus vastes que ce que l’on pensait jusqu’alors. Les «crises démographiques» pouvant justement brouiller les pistes et donner de fausses impression quand à un supposé rythme constant de l’accumulation de mutations. Bref les avant de voir une anomalie dans cette accumulation apparemment stables de mutations sur le long terme malgré, des temps de générations et des taux de mutations différents, il serait nécessaire de tenir compte des différents facteurs président à la fixation des mutations sur le très long terme, notamment les grandes «crises démographiques».

Eh bien nomme les nous ces ouvrages mais mieux encore nommes moi les études qui ont mis en avant pareilles pourcentages! Mais bon apparemment le «problème» que tu cherches à nous exposer tu ne le comprends pas toi-même, En fait tu le bases sur une vision fausse de la phylogénie et de l’évolution ainsi de ce que tu as pêché chez Michael Denton, une bien mauvaise pioche. Et lorsqu’on ose te faire quelques menus rappelle tu le prends mal et accuse tes interlocuteurs d’avoir une «ton paroissial» amusant! Je ne sais pas quelle science dure tu enseignes mais pas la biologie j'espère parce qu'alors sinon c'est très grave! Quand à mes compétences on va dire que je suis arroseur d'aquarium professionnel, ça sera plus amusant! Car vois-tu jusqu'ici à part exposé au grand jour ton ignorance en matière de phylogénie et de génétique tu n'as rien amené à manger sur le problème majeur que poserait les séquences du Cytochrome C pour l'évolution. Tu t'es contenter de démontrer ton ignorance en affirmant que ce n'est pas normal qu'une carpe soit aussi proche d'un mammifère que d'une grenouille alors qu'au contraire c'est là quelque chose de parfaitement normal mais soit je reviens plus bas sur cette question. Faux, archi-faux même! Encore une fois tu as tout à apprendre en matière de phylogénie! Et ce n'est pas là avoir un «ton paroissial» que de te le rappeler, c'est un fait! Ta vision de l'évolution semble être celle d'une marche linéaire où la lamproie serait plus proche de la carpe que la grenouille et où la carpe serait plus proche de la grenouille que d'un lézard, or cela est faux! Pourquoi? Parce que phylogénétiquement la lamproie n'est pas plus proche d'un carpe que d'un grenouille! Et la carpe un téléostéen, n'est pas plus proche de la grenouille que du lézard. À ce titre observe le diagramme phylogénétique suivant. Tu le comprends? La carpe et la grenouille forme ensemble un taxon monophylétique partageant tous deux un ancêtre commun plus récents qu'avec la lamproie. La lamproie n'a donc pas à être génétiquement plus proche de la carpe que de la grenouille. Idem pour d'autres taxons, par exemple le lézard n'a pas à être plus proche du crocodile que de l'oiseau. Normal le crocodile et l'oiseau ont un ancêtre plus récent qu'avec le lézard. Encore une fois renseigne-toi en matière de phylogénie. Apparemment tu n'as pas lu la réponse pourtant claire du biochimiste Larry Moran que j'avais mis en lien dans mon post précédent mais donc que je vais reprendre brièvement ici. Mais avant je te rappelle en ce qui concerne ta pseudo-démonstration phylogénétique j'ai déjà répondu plus haut en espérant que l'ai compris car c'est là une de tes grosses lacune, si ce n'est ta plus grosse lacune, dans ce domaine. Deuxièmement à l'échelle de centaines de millions d'années les lignées n'ont pas eu à muter à des vitesses extrêmement différentes au contraire les changements ont pu à long terme être semblables. D'une part parce que les organismes multicellulaires à temps de générations plus lents (comme les vertébrés terrestres c’est surtout cela qui devrait poser problème selon Michael denton) sont relativement récent à l'échelle du vivant (notons aussi comme le rappelle Larry Moran que les bactéries n'ont pas un rythme de reproduction aussi rapide que beaucoup de gens le crois). Troisièmement le taux de mutations est estimé via les divisions cellulaires et non la durée d'une génération. Par exemple comme le signale Larry Moran il y a de nombreuses divisions cellulaires pour aboutir à des gamètes chez avec un rythme de reproduction malgré tout assez rapide chez des animaux comme les souris. Tout cela pour dire qu’il faudrait vraiment que tu amènes des démonstrations, mécanismes génétiques (au niveau des mutations et des processus de fixations alléliques) à l’appuie avérant qu’il y a réellement une anomalie en matière d’évolution moléculaire ce que ne fait pas Michael Denton ni même toi qui n’a d’ailleurs même pas pris soin de se renseigner comme il se doit en matière de phylogénie et de cladistique.