Lapurdum, sous les Mérovingiens, d'où le nom du pays du Labourd, siège d'un évêché créé vers 830, le nom de Baiona apparait vers le XIe siècle. Ce nom signifiant "le bon fleuve" serait plus proprement traduit en Euskara batua (langue Basque unifiée) par Ibai Ona.
Après avoir été le "port d'Hasparren", Bayonne-Lapurdum, se développe et devient la capitale des Basques. J.-L. Davant dit : "Elle [bayonne] est en quelque sorte notre Jérusalem". (Histoire du Peuple Basque)
Bayonne est dans la plaine, une proie plus facile pour les conquérants que le pays des montagnes.
Avant la conquête romaine, l'Aquitaine est basque jusqu'à l'actuelle Dordogne. Puis, après la reconquête Vasconne faisant suite à la chite de l'empire romain, la plaine se débasquise par suite des invasions franques.
Citation puisée dans le livre de Davant, voici ce qu'en dit Mgr Saint Pierre dans Le duel de Bayonne et du Labourd au XIVe siècle : "Les vicomtes de Bayonne, issus du sang royal de Pampelune, commandent en maîtres sur Bayonne et le Labourd... Pendant près de deux siècles l'unité politique du Labourd et de Bayonne fait de celle-ci la capitale du Labourd. L'emprise basque est telle que les actes bayonnais de cette époque sont contresignés par d'Uturbie, D. Urruzague, de Garro, de Zubernie, de Lacarre".
La ville propère au Moyen-ége et ses activités commerciales sont développées grâce aux privilèges accordés par Richard Coeur de Lion.
Le château vieux
Bayonne sera donc anglaise entre 1151 et 1451. Durant cette période sera bâti le Château Vieux, près de la cathédrale.
En 1451, la ville est reprise par le roi de France et perd ainsi son autonomie. C'est à cette époque que sera construit le Château-Neuf pour garantir la stabilité de la ville.
A la suite d'inondations, l'Adour voit son cours détourné vers Vieux-Boucau, laissant Bayonne végéter jusqu'à ce que, sous Charles IX, Louis de Foix au terme d'immenses travaux, redonne au fleuve son embouchure définitive au Boucau-Neuf. c'était le 20 octobre 1578.
Vauban fortifiera la ville entre 1638 et 1670.
Son économie axée sur ses échanges commerciaux avec l'Espagne, l'économie de Bayonne culmine au XVIIIe siècle avec l'institution d'un port franc en 1784, la pêche à la morue à Terre Neuve, la chasse à la baleine et la guerre de course.
En 1808, Napoléon 1er y obtient l'abdication des Bourbons d'Espagne en sa faveur.
Aujourd'hui sous-préfecture du département des Pyrénées-Atlantiques (anciennes Basses-Pyrénées), c'est une ville de commerce et de services. Son port sert de base à l'exportation du soufre de Lacq et du produit des industries métallurgique, chimique, du cuivre et du bois.
(Ci-contre : L'entrée du port bien que toujours délicate a été améliorée dans les années 1730 au prix d'un investissement considérable)