Pourquoi il y a un événement d'extinction de nos bactéries intestinale avec le temps ?

le 15 mai 2021

Des excréments fossilisés vieux de 2 000 ans révèlent un "événement d’extinction" des bactéries intestinales humaines

14 Mai 2021 | 0 commentaires

Une nouvelle étude publiée cette semaine (lien plus bas) rend compte de la plus vaste analyse génomique d’anciens excréments humains jamais réalisée. La recherche révèle des indices sur la composition d’anciennes bactéries intestinales, en détectant des espèces microbiennes jamais rencontrées auparavant dans nos microbiomes modernes.

Image d’entête : Meradeth Snow, chercheuse à l’université du Montana et qui a participé à l’étude, tient une fiole contenant de l’ADN humain d’anciens excréments. (Tommy Martino/ Université du Montana)

L’étude s’est concentrée sur huit échantillons authentiques de matières fécales humaines fossilisés (coprolithe) trouvés dans des grottes du sud-ouest des États-Unis et du Mexique. La datation au carbone a indiqué que les échantillons avaient entre 1 000 et 2 000 ans.

Près de 500 génomes microbiens ont été reconstitués dans le cadre de l’étude, les chercheurs étant convaincus qu’environ 180 d’entre eux pourraient être étroitement associés à d’anciens microbiomes humains. Étonnamment, 39 % de ces génomes microbiens étaient inconnus jusqu’alors, n’ayant jamais été détectés dans un microbiome humain moderne.

Aleksandar Kostic, auteur principal de l’étude, explique que l’incroyable diversité microbienne des anciens microbiomes intestinaux pourrait être due à des variations alimentaires. L’agriculture industrialisée a entraîné un manque de variété dans les cultures, ce qui signifie que nos bactéries intestinales n’ont tout simplement pas besoin d’être aussi diversifiées qu’elles l’étaient dans le passé.

Selon Kostic :

Dans les anciennes cultures, les aliments que vous mangez sont très diversifiés et peuvent soutenir une collection plus éclectique de microbes. Mais à mesure que l’on s’oriente vers l’industrialisation et une alimentation plus proche de celle des épiceries, on perd beaucoup de nutriments qui contribuent à soutenir un microbiome plus diversifié.

Pour comparer ces résultats aux microbiomes modernes, les chercheurs ont rassemblé plusieurs centaines d’échantillons fécaux d’humains modernes. La moitié provenaient de personnes vivant aux États-Unis ou en Europe et ayant un régime alimentaire occidental, tandis que l’autre moitié provenait de communautés indigènes plus isolées, notamment en Tanzanie, au Pérou et au Mexique.

La présence d’une bactérie appelée Treponema succinifaciens dans chaque échantillon fut une découverte intéressante, alors qu’elle n’a été trouvée dans aucun microbiome occidental moderne. De précédentes recherches ont permis de détecter cette bactérie dans le microbiome de communautés indigènes isolées et il a été supposé qu’elle était le signe que les microbiomes intestinaux de l’humain “industrialisé” moderne ont divergé des formes plus ancestrales.

Autre découverte intéressante : les anciens microbiomes présentaient un volume plus élevé d’enzymes appelées transposases, qui contribuent essentiellement à l’adaptabilité génétique aux conditions environnementales dynamiques.

Toujours selon Kostic :

Nous pensons qu’il pourrait s’agir d’une stratégie utilisée par les microbes pour s’adapter à un environnement qui change beaucoup plus que le microbiome moderne industrialisé, où nous mangeons les mêmes choses et menons la même vie plus ou moins toute l’année. En revanche, dans un environnement marqué par le changement, les microbes pourraient utiliser cette collection beaucoup plus importante de transposases pour saisir et collecter des gènes qui pourraient les aider à s’adapter aux différents environnements.

Et si la diversité microbienne globale était plus élevée dans les échantillons d’anciens microbiomes, certains microbes semblaient ostensiblement absents des excréments fossilisés. L’Akkermansia muciniphila, par exemple, était absente de tous les anciens échantillons et n’était que rarement détectée dans les échantillons modernes non occidentaux. De précédentes études ont révélé une augmentation des volumes d’Akkermansia muciniphila chez les personnes ayant un régime alimentaire riche en viande transformée et en sucre. Ce microbe est connu pour produire des endotoxines associées à l’inflammation.

Meradeth Snow, anthropologue à l’université du Montana qui a participé à l’étude, estime que ce type de recherche permet de mieux comprendre les maladies qui touchent les populations des sociétés occidentales modernes :

C’est une relation symbiotique. Mais lorsque nous étudions les gens aujourd’hui, où que ce soit sur la planète, nous savons que leurs microbiomes intestinaux ont été influencés par notre monde moderne, que ce soit par l’alimentation, les produits chimiques, les antibiotiques ou toute une série d’autres choses. Ainsi, comprendre à quoi ressemblait le microbiome intestinal avant l’industrialisation nous aide à comprendre ce qui est différent dans les intestins d’aujourd’hui.

La prochaine étape pour certains des chercheurs travaillant sur le projet sera d’étudier les fonctions métaboliques possibles de certaines de ces anciennes espèces bactériennes. Kostic pense qu’il serait possible d’utiliser ces vieux génomes nouvellement reconstitués pour ressusciter certaines de ces espèces éteintes et déterminer comment elles influençaient les anciens humains.

Selon Kostic :

Si nous pouvons les cultiver en laboratoire, nous pourrons comprendre beaucoup mieux la physiologie de ces microbes.

L’étude publiée dans Nature : Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut et présentée sur le site de la Harvard Medical School : The Guts of Our Ancestors et l’Université du Montana : Research Reveals Ancient People Had More Diverse Gut Microorganisms.

Source:

https://www.gurumed.org/2021/05/14/des-excrments-fossiliss-vieux-de-2-000-ans-rvlent-un-vnement-dextinction-des-bactries-intestinales-humaines/

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03532-0

Pourquoi il y a un événement d'extinction de nos bactéries intestinale avec le temps ?

le 15 mai 2021

Il me semble que la réponse est au moins avancée dans l'article, non ?

le 15 mai 2021

il y a 58 minutes, arrial a dit :

Il me semble que la réponse est au moins avancée dans l'article, non ?

Oui bien sûr mais Extralove ne l'a pas compris !

Les bactéries intestinales prolifèrent selon la nourriture majoritaire qui arrive dans les intestins. Il est évident que si le régime alimentaire change, des bactéries seront avantagées tandis que d'autres verront leur nombre diminuer ou même s'éteindre.

Puisque le régime alimentaire a évolué au cours des âges, il n'y a donc pas à être étonné que la composition de notre microbiote ne soit plus le même qu'aux temps anciens.

Je m'étonne que l'on s'étonne de cette observation qui me semble évidente !

le 15 mai 2021

La plupart des gens crevaient de faim autrefois. Il fallait être noble ou prêtre pour manger correctement à satiété.

Je penche pour la profusion de produits chimiques néfastes dans notre nourriture quotidienne.

Je doute du terme microbiome. Je suis certain du microbiote.

le 15 mai 2021

Il y a 3 heures, Répy a dit :

Oui bien sûr mais Extralove ne l'a pas compris !

Les bactéries intestinales prolifèrent selon la nourriture majoritaire qui arrive dans les intestins. Il est évident que si le régime alimentaire change, des bactéries seront avantagées tandis que d'autres verront leur nombre diminuer ou même s'éteindre.

Puisque le régime alimentaire a évolué au cours des âges, il n'y a donc pas à être étonné que la composition de notre microbiote ne soit plus le même qu'aux temps anciens.

Je m'étonne que l'on s'étonne de cette observation qui me semble évidente !

Ce n'est pas seulement le mode d'alimentation où le facteur génomique qui entre en jeu, plusieurs études menées pour évaluer l'état psychologique ont montré une diminution des bactéries intestinales suite au stress et à la dépression, bref le monde est de plus en plus déprimé que le passé même si le niveau de vie s'améliore grâce à la technologie ...

le 16 mai 2021

Bonjour,

L'article que tu exposes et qui relaie l'article paru dans Nature utilise des termes mal choisis.

Le sens biologique d'"extinction" désigne la disparition absolue de certains espèces.

Or, dans ce cas précis nous nous intéressons à une relation hôte/micro-organismes.

Ce n'est donc pas une extinction absolue (plutôt relative) mais une modification de la diversité des espèces constitutives de notre microbiote.

(Comme l'a d’ailleurs souligné Répy) Cette observation est justifiée par le comparatif avec notre microbiome moyen actuel.

L'idée majoritaire a retirer de cet article réside dans la caractérisation d'une communauté microbienne "ancienne", et dans une moindre mesure, la mise en évidence des moyens utilisés par cette dernière afin de se diversifier, et par conséquent, s'adapter.

Il n'existe donc pas "d'extinction de nos bactéries intestinales en fonction du temps" mais une adaptation.

En espérant avoir apporté quelques éléments supplémentaires aux réponses précédentes,

A bientôt

le 17 mai 2021

Dans mon raisonnent j'ai dis juste que il n'y a pas que le facteur de génome qui entre en jeu et le mode d'alimentation pour expliquer la disparition de 39% de nos bactéries intestinal en 2000 ans dans une période de guerre et grand conflit et déprime , mais aussi le facteur psychologique qui es prouvé par plusieurs études.

le 1 juin 2021

Le 17/05/2021 à 03:49, Extrazlove a dit :

Dans mon raisonnent j'ai dis juste que il n'y a pas que le facteur de génome qui entre en jeu et le mode d'alimentation pour expliquer la disparition de 39% de nos bactéries intestinal en 2000 ans dans une période de guerre et grand conflit et déprime , mais aussi le facteur psychologique qui es prouvé par plusieurs études.

Je n'ai jamais vu d'études démontrant cela. En revanche, il en existe démontrant que le manque ou la faible quantité de certaines espèces induit des "désordres" (psychologues, excusez-moi pour ce terme) psychiques. Si tu remets la main dessus ça m'intéresse ! ^^

le 1 juin 2021

à l’instant, Prelune a dit :

Je n'ai jamais vu d'études démontrant cela. En revanche, il en existe démontrant que le manque ou la faible quantité de certaines espèces induit des "désordres" (psychologues, excusez-moi pour ce terme) psychiques. Si tu remets la main dessus ça m'intéresse ! ^^

Voila:

https://www.gurumed.org/2019/02/06/y-aurait-il-un-lien-entre-la-dpression-et-les-espces-microbiennes-qui-vivent-dans-nos-intestins/

https://www.inserm.fr/information-en-sante/dossiers-information/microbiote-intestinal-flore-intestinale

https://advances.sciencemag.org/content/5/2/eaau8317

le 1 juin 2021

il y a 13 minutes, Extrazlove a dit :

Voila:

https://www.gurumed.org/2019/02/06/y-aurait-il-un-lien-entre-la-dpression-et-les-espces-microbiennes-qui-vivent-dans-nos-intestins/

https://www.inserm.fr/information-en-sante/dossiers-information/microbiote-intestinal-flore-intestinale

https://advances.sciencemag.org/content/5/2/eaau8317

Ok, je vois ce que vous voulez dire.

Attention cependant, ce n'est pas la dépression, par exemple, qui est responsable d'une modification des populations microbiennes.

Mais bien l'inverse. Comme le cite l'un des papiers que vous citez, cette science est encore jeune et nous n'avons que peu d'exemples de causalités. Il semblerait de plus que l'action soit indirecte. ^^

le 1 juin 2021

à l’instant, Prelune a dit :

Ok, je vois ce que vous voulez dire.

Attention cependant, ce n'est pas la dépression, par exemple, qui est responsable d'une modification des populations microbiennes.

Mais bien l'inverse. Comme le cite l'un des papiers que vous citez, cette science est encore jeune et nous n'avons que peu d'exemples de causalités. Il semblerait de plus que l'action soit indirecte. ^^

Je pense que sont les deux un facteur a double sens le corps et l'esprit, en tous cas la diminution des microbiennes intestinales est peut être un signe de dépression, donc les humains en moins de 2000 ans sont peut être devenu plus dépressive en perdant 39% de ses bactéries.

le 1 juin 2021

On pourrait faire un chouette truc avec des souris dans un premier temps.

Un groupe avec le microbiote classique.

Un autre groupe à qui on ferait subir un lavement puis leur faire manger le caca de leurs ancêtres.

A voir quel groupe serait le plus heureux en fonction du temps. Pas dit que ça marche sur les souris... Tant de possibilités.

La fécalothérapie serait à nos portes.

le 1 juin 2021

à l’instant, Prelune a dit :

On pourrait faire un chouette truc avec des souris dans un premier temps.

Un groupe avec le microbiote classique.

Un autre groupe à qui on ferait subir un lavement puis leur faire manger le caca de leurs ancêtres.

A voir quel groupe serait le plus heureux en fonction du temps. Pas dit que ça marche sur les souris... Tant de possibilités.

La fécalothérapie serait à nos portes.

Oui les extrêmement genre caca salive sueur du corps et le microbiote ne sont pas trop étudiés par la science pour de raison éthique ,qui sait peut le pire odeur de la vie peux vaincre la pire odeur de la mort et même faire revenir un mort a la vie avec ce mélange...

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