Fuu est une jeune fille de 15 ans. Le bar dans lequel elle travaillait ayant été détruit par deux hurluberlus, elle se met en quête du « Samouraï qui sent le tournesol » avec pour compagnons... les deux fous précités. Ils se prénomment Mugen et Jin. Le premier est un jeune fou, très doué avec une épée (et non pas un katana) entre les mains. Ses techniques de combat ne sont pas du tout conventionnelles et son seul but est de trouver des gens forts avec lesquels se battre. En revanche, Jin est l'archétype du samouraï : posé, calme et incroyablement fort au combat. Son mode de vie est calqué sur le bushido. Outre Fuu, le seul lien qui unit ces deux personnes est la volonté de se tuer l'un l'autre, pour se prouver qu'ils sont les plus forts.
On suit donc le parcours de ce trio atypique au travers du Japon.
Clairement, ce n'est pas le scénario qui retient l'attention : il est vraiment tiré par les cheveux. De plus, on ne sait toujours rien sur ce fameux samouraï qui sent le tournesol à l'épisode 12. Mais peut importe : cette trame scénaristique, aussi légère soit elle, est le fil conducteur des épisodes. D'ailleurs, chacun de ces épisode forme une histoire, exactement comme Cowboy Bebop.